Cụ thể, chất lượng nước của hệ thống sông Sài Gòn - Đồng Nai đang bị ô nhiễm vi sinh rất nghiêm trọng và đang bị ô nhiễm nhẹ về dầu mỡ; trong khi đó, nước mặt khu vực sông Nhà Bè, Cần Giờ và chất lượng nước của các kênh rạch trên địa bàn thành phố đang bị ô nhiễm vi sinh rất lớn.
Nước dưới đất khu vực TPHCM đã được khai thác sử dụng từ lâu, việc khai thác nguồn nước này ngày càng gia tăng. Hiện nay, mỗi ngày thành phố khai thác khoảng 600.000m3/ngày/đêm.
Để đảm bảo cho việc cấp nước an toàn và đảm bảo an ninh nguồn nước UBND TPHCM đã chỉ đạo các sở ban ngành khẩn trương xây dựng kế hoạch cấp nước an toàn và an ninh nguồn nước để báo cáo trình UBND.
Trong kế hoạch trên có việc quan trắc, kiểm soát ô nhiễm nguồn nước sông Đồng Nai, Sài Gòn, kênh Đông. Qua đó, đề ra giải pháp phòng chống, ngăn chặn xả thải gây ô nhiễm vào nguồn nước từ các khu công nghiệp, khu chế xuất, khu dân cư…