Đối với trình độ thạc sĩ, ĐH này đang triển khai chương trình đào tạo thạc sĩ chuẩn của ĐH Quốc gia TPHCM, thạc sĩ chất lượng cao và thạc sĩ tài năng. Riêng chương trình thạc sĩ tài năng, học viên sẽ được hỗ trợ kinh phí để triển khai các nghiên cứu chuyên sâu và đăng các bài báo thuộc tạp chí quốc tế ISI. Kỳ tuyển sinh cao học năm 2019 sẽ diễn ra trong 2 đợt: Đợt 1 từ ngày 18 đến ngày 19-5; đợt 2 từ ngày 19 đến ngày 20-10. Đối với trình độ tiến sĩ, mỗi đơn vị đào tạo trong hệ thống có thể tổ chức tuyển sinh từ 1 - 4 đợt/năm.
Đối với đào tạo trình độ tiến sĩ, từ năm 2019, các yêu cầu đầu vào và đầu ra đối với nghiên cứu sinh được nâng cao theo quy định chung. Để hỗ trợ các ứng viên chưa đủ điều kiện dự tuyển trực tiếp vào các chương trình tiến sĩ, ĐHQG TPHCM đã triển khai chương trình dự bị tiến sĩ. Trong thời gian 24 tháng, người học dự bị tiến sĩ có thể tham gia học tập, nghiên cứu tại cơ sở đào tạo để bổ sung các điều kiện dự tuyển. Người học có thể tích lũy các tín chỉ trong chương trình đào tạo tiến sĩ, tham gia nghiên cứu và công bố khoa học. Các bài báo, kết quả nghiên cứu này có thể sử dụng trong quá trình làm nghiên cứu sinh chính thức.
Về yêu cầu ngoại ngữ của đào tạo sau ĐH, ngoài các chứng chỉ ngoại ngữ hiện được sử dụng, ĐHQG TPHCM sẽ tổ chức thi chứng chỉ B1 phục vụ tuyển sinh, đào tạo trình độ thạc sĩ trong năm 2019. Trường ĐH Khoa học Xã hội và Nhân văn, Trường ĐH Khoa học Tự nhiên là 2 đơn vị phụ trách đào tạo chứng chỉ này.
