Tại cuộc tọa đàm, TS Nguyễn Đức Thành, Viện trưởng VEPR, nhận định, quá trình chuẩn bị dự thảo tuy diễn ra trong thời gian dài, nhưng vẫn còn khá nhiều vấn đề cần làm rõ. Chẳng hạn, tổng thu ngân sách nhà nước được đưa ra lên tới 35 - 40 tỷ USD, theo ông Thành, là lớn gấp nhiều lần con số mà ông tính toán.
Một dẫn chứng khác là so sánh thuế casino tại dự thảo (đã được chỉnh lý so với lần trình ra Quốc hội ở kỳ họp trước) với các quốc gia trên thế giới được coi là không đúng với thực tế tại các quốc gia được dẫn chứng và nhiều mức thuế có sự nhầm lẫn về khái niệm...
Nghiên cứu của VEPR cũng chỉ ra, việc xây dựng các đặc khu là không khả thi, khi mà khung thể chế không có sự vượt trội, các chính sách ưu đãi vẫn thiên về thuế và đất đai nên đang mất dần sức hấp dẫn, không có khả năng áp dụng tại các vùng khác và khó tạo động lực lan tỏa. Các vị trí được lựa chọn cũng không còn quỹ đất trống đủ lớn để tạo thuận lợi phát triển các đặc khu.
TS Thành bày tỏ quan điểm một cách dứt khoát: “Nếu xác định rõ vẫn muốn sử dụng mô hình đặc khu như một động lực đột phá cho nền kinh tế, thì nên mạnh dạn xây dựng vùng tự do thương mại (FTZ) hình thành trên cụm địa phương TPHCM - Bình Dương - Đồng Nai - Vũng Tàu. Đây là khu vực khả dĩ duy nhất hiện nay ở Việt Nam phù hợp xây dựng FTZ. FTZ là phiên bản cao cấp hơn của đặc khu hành chính - kinh tế”.
TS Lưu Bích Hồ, nguyên Viện trưởng Chiến lược phát triển (Bộ Kế hoạch và Đầu tư) cũng cho rằng, ưu đãi dựa vào đất, vào vốn, hay miễn giảm thuế đều không quan trọng bằng yếu tố nhân lực, nhưng điều này lại chưa thật rõ trong dự thảo.