Theo đó, nghi phạm là một người đàn ông Nhật Bản. Đối tượng này theo dõi thông tin chuyến bay được đăng tải công khai trên mạng và phát sinh hành động đe dọa an ninh an toàn. Trong toàn bộ vụ việc, đối tượng thực hiện hành vi đe dọa một mình, không có đồng phạm.
Qua thẩm vấn cho thấy nghi phạm khai báo có hành vi đe dọa bắn hạ máy bay của Việt Nam nhưng không có động cơ, không có mục đích. Người này cũng được ghi nhận có những biểu hiện về vấn đề thần kinh không bình thường. Việc đe dọa an ninh an toàn được xác định là có nhưng không nguy hiểm.
Hiện cơ quan chức năng Nhật Bản vẫn đang tiếp tục xác minh làm rõ vụ việc và chưa có kết luận chính thức.
Trước đó, ngày 5-1-2022, chuyến bay VN5311 từ Narita (Nhật Bản) về Hà Nội (NRT-HAN), khởi hành lúc 10 giờ 30 (giờ địa phương) gồm 15 thành viên tổ bay (12 tiếp viên và 3 phi công), trong đó có 2 cơ trưởng cùng 47 hành khách.
Khoảng 11 giờ 10 (giờ địa phương), Chi nhánh VNA tại Nhật Bản nhận được 1 cuộc điện thoại từ đối tượng giọng nam tự xưng là người Mỹ, nói tiếng Nhật, đe dọa và yêu cầu chuyến bay VN5311 tốt nhất là quay lại Narita, nếu không sẽ bị bắn hạ khi bay qua Vịnh Tokyo.
Thời điểm này, chuyến bay VN5311 bay được khoảng 40 phút và chuẩn bị bay qua Vịnh Tokyo. Cục Hàng không Việt Nam đã khẩn cấp báo cáo Bộ trưởng Bộ GTVT, Phó Thủ tướng Thường trực Phạm Bình Minh - Chủ tịch Ủy ban An ninh hàng không dân dụng quốc gia cho phép máy bay xin hạ cánh xuống sân bay Fukuoka, Nhật Bản.
Sau đó, chuyến bay được xác định an toàn, không có dấu hiệu bất thường và được phép khởi hành về Hà Nội.