Kết quả điều tra của các đơn vị chức năng cho thấy, Ban lái tàu của đoàn tàu SE25 đã xác nhận nhầm tín hiệu vào ga và không quan sát tín hiệu ra ga, để tàu thông qua ga Dầu Giây. Để xử lý trách nhiệm liên quan, Tổng công ty Đường sắt đã yêu cầu Giám đốc Chi nhánh Xí nghiệp Đầu máy Sài Gòn tổ chức phân tích, xử lý trách nhiệm Ban lái tàu theo nội quy lao động của đơn vị. Đối với các chức danh lãnh đạo liên quan của Xí nghiệp tự nhận hình thức xử lý theo quy định của Tổng công ty. Các đơn vị liên quan khác gồm Chi nhánh Khai thác đường sắt Sài Gòn, Đoàn tiếp viên Đường sắt Phương Nam (thuộc Công ty CP Vận tải Đường sắt Sài Gòn) tổ chức phân tích, chấn chỉnh, rút kinh nghiệm đối với các chức danh làm công tác chạy tàu trong công tác phối hợp, xử lý, giải quyết sự cố.
Vụ việc hai đoàn tàu suýt đâm nhau xảy ra khi tàu SE25 không chấp hành lệnh điều độ dừng tại ga Dầu Giây để tránh tàu mà chạy thẳng vào khu gian Dầu Giây - Trảng Bom cùng lúc tàu ASY2 đã có lệnh chạy vào khu gian này. Điều độ đã kịp thời liên lạc với 2 ban lái tàu để dừng tàu kịp thời.
