Bên cạnh đó, nhóm cựu cán bộ Công an quận Tây Hồ, TP Hà Nội gồm: Nguyễn Đức Châu, Vũ Công Ngọc và Lê Đình Trung bị đề nghị truy tố với vai trò đồng phạm của bị can Phùng Anh Lê.
Theo kết luận điều tra, ngày 19-9-2016, anh Nguyễn Công Thành (ở quận Hoàn Kiếm, TP Hà Nội) đến Công an phường Yên Phụ, quận Tây Hồ, tố cáo một nhóm người bắt giữ anh này trái pháp luật rồi hành hung.
Đại tá Phùng Anh Lê Sau khi công an phường tiếp nhận thông tin, trực ban đã báo cáo Trưởng Công an quận Phùng Anh Lê và Phó trưởng Công an quận khi đó là ông Phạm Quý Hải. Vụ việc sau đó được Đội cảnh sát hình sự Công an quận Tây Hồ thụ lý để xác minh.
Đội cảnh sát hình sự sau đó xác minh làm rõ, Nguyễn Hữu Tài (ở quận Ba Đình) cùng một số người khác liên quan tới việc tấn công anh Thành.
Cuối 9-2016, Tài đến Công an quận Tây Hồ trình diện về hành vi liên quan đơn tố cáo của anh Thành. Quá trình củng cố hồ sơ, cán bộ Đội Cảnh sát hình sự đề xuất tạm giữ Tài để điều tra và bắt những người liên quan khác.
Trong khi đó, cơ quan điều tra làm rõ, bị can Vũ Công Ngọc (cựu Đội phó Đội cảnh sát hình sự, Công an quận Tây Hồ) đã đồng ý với đề xuất của điều tra viên. Sau đó, ông Ngọc báo cáo Đội trưởng Đội Cảnh sát hình sự Nguyễn Đức Châu rồi mang hồ sơ đến nhà riêng của ông Phạm Quý Hải để báo cáo.
Ông Hải chấp thuận đề xuất và ký quyết định tạm giữ Nguyễn Hữu Tài để làm rõ hành vi bắt người trái pháp luật. Quá trình Tài bị tạm giữ, vợ và người nhà của nghi phạm đã nhờ người quen kết nối đến Công an quận Tây Hồ để nhờ giúp đỡ.
Qua quan hệ trung gian, anh Phùng Văn Bảy là người quen đã nhờ bị can Phùng Anh Lê giúp đỡ trường hợp của Tài. Sau khi đồng ý, Phùng Anh Lê nhắn người trung gian thông báo gia đình Tài chuẩn bị tiền để hòa giải với nạn nhân.
Đêm 22-9-2016, anh Bảy nhận 110 triệu đồng từ gia đình Tài rồi đưa cho ông Lê. Sau khi nhận tiền, bị can Lê yêu cầu cấp dưới cung cấp hồ sơ vụ án. Quá trình xem xét, bị can Lê nhận thấy chứng cứ để tạm giữ Tài còn yếu nên chỉ đạo đưa nghi phạm ra khỏi nhà tạm giữ, cho viết cam kết để tránh tự sát.
Thực hiện chỉ đạo của ông Lê, bị can Ngọc cùng một số cảnh sát đã đưa Tài ra khỏi nhà tạm giữ và cho các bên hòa giải vụ hành hung. Sau 2 lần hòa giải tại trụ sở công an quận, Tài đồng ý bồi thường 15 triệu đồng và sửa điện thoại cho anh Thành.
Công an TP Hà Nội sau đó đã rà soát và lật lại hồ sơ vụ án. Sau khi củng cố hồ sơ, Công an TP Hà Nội ra quyết định khởi tố vụ án, khởi tố bị can với Nguyễn Hữu Tài và 5 bị can khác về tội "Cướp tài sản".
Liên quan tới quá trình điều tra, bị can Phùng Anh Lê nhiều lần không thừa nhận hành vi và có lời khai đổ lỗi những bị can khác. Trong khi đó, Nguyễn Đức Châu, Phùng Công Ngọc và Lê Đình Trung thành khẩn khai báo. Bị can Lê cũng không thừa nhận đã nhận 110 triệu đồng, nên vụ việc này được tách ra thành vụ có dấu hiệu đưa, nhận và môi giới hối lộ để tiếp tục làm rõ.
