Theo cáo trạng, ông Hernández đã dính líu tới các đường dây buôn lậu ma túy từ khu vực Trung Mỹ vào Mỹ và sở hữu nhiều vũ khí hạng nặng. Ngoài ra, cựu chính trị gia 55 tuổi cũng đã nhận nhiều triệu USD từ các tổ chức buôn bán ma túy tại nhiều nơi, bao gồm trùm các băng đảng ma túy cộm cán ở Mexico trước đây, và sử dụng số tiền phi pháp này để tài trợ cho các chiến dịch chính trị của mình. Đổi lại, ông Hernández và các quan chức Honduras khác đã bảo kê cho những kẻ buôn bán ma túy tại Honduras, đồng thời cho phép chúng tiếp cận thông tin hành pháp và quân sự cũng như không bị dẫn độ sang Mỹ.
Chỉ 3 tháng sau khi mãn nhiệm Tổng thống (2014-2022), ông Hernández bị bắt tại Honduras và bị Mỹ dẫn độ về nước này để xét xử vào cuối tháng 4-2022. Ông Hernández từng là đối tác quan trọng của Mỹ dưới thời các cựu Tổng thống Barack Obama, Donald Trump trong các chiến dịch chống di cư và ma túy.
Em trai của ông Hernández, cựu nghị sĩ Tony Hernández ở Honduras, cũng bị tuyên án tù chung thân tại Mỹ vào tháng 3-2021.
