Quá trình tuyên án, bị cáo Cao Minh Quang tiếp tục vắng mặt do phải điều trị tại bệnh viện. Bị cáo Nguyễn Thanh Tòng (cựu Phó Tổng Giám đốc Công ty Cửu Long) đã chết nên tòa đình chỉ xét xử.
Công bố nội dung, tòa tuyên phạt cựu Thứ trưởng Bộ Y tế Cao Minh Quang 30 tháng tù treo về tội Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng. Cùng tội danh, bị cáo Dương Huy Liệu (cựu Vụ trưởng Vụ Kế hoạch Tài chính, Bộ Y tế) bị phạt 24 tháng tù treo; bị cáo Nguyễn Nam Liên (cựu Vụ phó Vụ Kế hoạch Tài chính) 24 tháng tù; bị cáo Phạm Thị Minh Nga (cựu chuyên viên vụ này) 15 tháng tù treo; bị cáo Nguyễn Việt Hùng (cựu Cục phó Cục Quản lý Dược) 30 tháng tù.
Bị cáo Cao Minh Quang tại phiên tòa ngày 21-11 Bị cáo Lương Văn Hóa (cựu Tổng Giám đốc Công ty Cửu Long) bị phạt 9 năm tù; bị cáo Nguyễn Văn Thanh Hải (cựu Kế toán trưởng) bị phạt 6 năm tù; bị cáo Ngô Hữu Hiếu Nghĩa (cựu Giám đốc chi nhánh TPHCM) bị phạt 5 năm tù cùng về tội Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
Về dân sự, tòa ghi nhận bị cáo Cao Minh Quang và đồng phạm tại Bộ Y tế đã nộp khắc phục tổng số tiền hơn 1,9 tỷ đồng. Còn bị cáo Lương Văn Hóa cùng thuộc cấp nộp khắc phục gần 1,5 tỷ đồng. Số tiền này sẽ được trừ vào khoản mà Công ty Cửu Long phải bồi thường cho Bộ Y tế. Như vậy, tòa buộc Công ty Cửu Long phải nộp khắc phục hơn 58 tỷ đồng.
Theo bản án, bị cáo Lương Văn Hóa là Chủ tịch HĐQT kiêm Tổng Giám đốc Công ty Cửu Long, phải chịu trách nhiệm chính về những sai phạm tại doanh nghiệp này. Bị cáo Hóa biết rõ các quy định của pháp luật, nhưng khi Công ty Cửu Long được giảm giá mua nguyên liệu, người này đã chỉ đạo giữ lại hơn 3,8 triệu USD để sử dụng mà không báo cáo Bộ Y tế. Trong vụ án, bị cáo Hóa giữ vai trò phạm tội cao nhất.
Giúp sức cho bị cáo Hóa là thuộc cấp Nguyễn Văn Thanh Hải, Ngô Hữu Hiếu Nghĩa và Nguyễn Thanh Tòng. Lợi dụng việc được giảm giá mua nguyên liệu thuốc, bị cáo Hóa đã chỉ đạo đồng phạm hợp thức hồ sơ nhằm che giấu khoản tiền 3,8 triệu USD mà không báo cáo Bộ Y tế. Sau đó, nhóm này đã sử dụng trái mục đích số tiền được giảm giá, gây thiệt hại tài sản Nhà nước.
Đối với những bị cáo thuộc Bộ Y tế, bản án kết luận các bị cáo Cao Minh Quang, Nguyễn Việt Hùng, Dương Huy Liệu, Nguyễn Nam Liên và Phạm Thị Minh Nga đã thiếu kiểm tra, rà soát nên không phát hiện ra Công ty Cửu Long đã dùng thủ đoạn gian dối để giữ lại 3,8 triệu USD.
