Theo cáo trạng, thực hiện kế hoạch dự trữ thuốc Tamiflu và sản xuất thuốc Oseltamivir phòng, chống dịch cúm A(H5N1) tại Việt Nam của Thủ tướng Chính phủ, trên cơ sở thông báo giá thành sản xuất thuốc Oseltamivir của Bộ Tài chính, Bộ Y tế giao kế hoạch và đặt hàng Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long (Công ty Cửu Long) sản xuất thuốc Oseltamivir từ nguồn nguyên liệu nhập khẩu theo hình thức ký và thực hiện các hợp đồng kinh tế.
Theo quy định của pháp luật về quản lý giá hàng hóa, dịch vụ do Nhà nước đặt hàng sản xuất bằng nguồn ngân sách Nhà nước, Công ty Cửu Long phải chấp hành cơ chế quản lý giá và các mức giá do cơ quan Nhà nước có thẩm quyền quy định.
Quá trình thực hiện kế hoạch sản xuất thuốc, Công ty Cửu Long được giảm giá mua nguyên liệu nhưng với động cơ vụ lợi, bị cáo Lương Văn Hóa đã lợi dụng, chức vụ quyền hạn chỉ đạo cấp dưới hạch toán trái nguyên tắc kế toán; hợp thức hồ sơ thanh toán che giấu nhằm giữ lại số tiền giảm giá mua nguyên liệu hơn 3,8 triệu USD (tương đương hơn 61 tỷ đồng) để sử dụng, gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước.
Bị cáo Cao Minh Quang được giao nhiệm vụ chỉ đạo định kỳ kiểm tra, đánh giá, tổng hợp tình hình mua, bảo quản, sử dụng thuốc Tamiflu, nguyên liệu Oseltamivir và sản xuất thuốc dự trữ, nhưng bị cáo Cao Minh Quang đã thiếu trách nhiệm không thực hiện đầy đủ nhiệm vụ được giao, không chỉ đạo kiểm tra để làm rõ số tiền hơn 3,8 triệu USD Công ty Cửu Long chưa thanh toán cho nhà cung cấp nguyên liệu nên không phát hiện được Công ty Cửu Long đã giữ lại gây thiệt hại cho ngân sách Nhà nước.
Bị cáo Nguyễn Việt Hùng được giao nhiệm vụ Trưởng đoàn kiểm tra liên ngành kiểm tra tình hình mua, bảo quản, sử dụng thuốc Tamiflu, nguyên liệu Oseltamivir và sản xuất thuốc dự trữ nhưng không chỉ đạo kiểm tra trực tiếp sổ sách kế toán, báo cáo tài chính, việc quản lý, sử dụng, hạch toán đối với số tiền trên; không kiểm tra làm rõ về thư giãn nợ nên không phát hiện việc Công ty Cửu Long tạo lập thư giãn nợ là nhằm che giấu với Bộ Y tế về việc giữ lại số tiền hơn 3,8 triệu USD.
Hành vi nêu trên của các bị cáo đã thiếu trách nhiệm trong thực hiện trách nhiệm, quyền hạn được giao dẫn đến thiệt hại cho Nhà nước với số tiền hơn 3,8 triệu USD.
Trong vụ án này, cơ quan công tố xác định bị cáo Cao Minh Quang có trách nhiệm kiểm tra việc chấp hành cơ chế quản lý giá đối với các doanh nghiệp sản xuất thuốc theo đơn đặt hàng của Bộ Y tế. Sau khi kiểm tra theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, bị cáo Cao Minh Quang biết Công ty Cửu Long chưa thanh toán số tiền hơn 3,8 triệu USD mua nguyên liệu nhưng không chỉ đạo tiếp tục kiểm tra, làm rõ.
Hội đồng xét xử đã triệu tập một số tổ chức, cá nhân tham gia tố tụng đến phiên tòa, trong đó có triệu tập đại diện Bộ Y tế, đại diện Công ty Cửu Long…