Trong vụ việc này, ông Nguyễn Hồng Trường là Chủ tịch Hội đồng bán đấu giá quyền thu phí, Công ty Yên Khánh là nhà đầu tư đã trúng đấu giá quyền thu phí của dự án với giá trúng thầu hơn 2.000 tỷ đồng.
Đơn vị quản lý dự án là Tổng Công ty Cửu Long, đơn vị này có trách nhiệm ký kết và quản lý hợp đồng bán quyền thu phí đường cao tốc với Công ty Yên Khánh. Hợp đồng chuyển giao quyền thu phí sắp kết thúc, tháng 12-2018, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an (C03) thông báo phát hiện dấu hiệu nghi sử dụng phần mềm điện tử để giấu doanh thu tại Công ty Yên Khánh nhằm trốn thuế, gây thất thu cho ngân sách.
C03 sau đó khởi tố vụ án “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng”, “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí” xảy ra tại Công ty Yên Khánh, Tổng Công ty Cửu Long và các đơn vị có liên quan trong việc đấu thầu và thu phí tuyến cao tốc TPHCM - Trung Lương.
Liên quan tới vụ án này, C03 đã bắt ông Ngô Bá Thắng (Giám đốc chi nhánh Long An thuộc Công ty Yên Khánh), Trần Văn Miền (Phó Giám đốc chi nhánh Long An kiêm Trạm trưởng Trạm thu phí Chợ Đệm, Công ty Yên Khánh), Tô Phước Hùng (Kế toán trưởng Công ty Yên Khánh), Nguyễn Thị Kim Huệ (Kế toán Công ty Yên Khánh).
Quá trình mở rộng điều tra, tháng 10-2019, C03 bắt tiếp ông Đinh Ngọc Hệ (Út “Trọc”), cựu Chủ tịch HĐQT, cựu Tổng Giám đốc Công ty Thái Sơn; Phạm Văn Diệt, Giám đốc điều hành của Công ty Yên Khánh và Vũ Thị Hoan, Tổng Giám đốc Công ty Yên Khánh về hành vi “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng”. Cơ quan điều tra xác định, Đinh Ngọc Hệ làm chủ Công ty Yên Khánh, nhưng doanh nghiệp này thực tế không có vốn, không có cơ cấu tổ chức, nhân lực, chỉ lập ra để ký hợp đồng liên doanh nhằm mục đích kiếm lời cá nhân.
Ngày 27-10-2019, C03 tiến hành khởi tố, bắt giam các bị can là lãnh đạo Tổng Công ty Cửu Long, gồm: Dương Tuấn Minh (cựu Tổng Giám đốc), Dương Thị Trâm Anh (cựu Phó Tổng Giám đốc), Nguyễn Thu Trang (cựu Phó phòng Đầu tư và quản lý đấu thầu) về hành vi “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí”.
Về các dự án sai phạm trong cổ phần hóa có trách nhiệm của ông Nguyễn Hồng Trường, điển hình là vụ bán 75% vốn cảng Quy Nhơn. Theo kết luận số 1566/KL-TTCP ngày 17-9-2018 của Thanh tra Chính phủ, Bộ GTVT đã làm trái thẩm quyền, vi phạm quy định pháp luật khi cho phép Tổng Công ty Hàng hải Việt Nam Vinalines chuyển nhượng 75,01% cổ phần tại Công ty TNHH MTV Cảng Quy Nhơn cho Công ty cổ phần Đầu tư khoáng sản Hợp Thành, theo phương thức thỏa thuận trực tiếp khi không báo cáo, chưa được Thủ tướng cho phép. Tổng vốn Nhà nước thu hồi trong cổ phần hóa cảng Quy Nhơn (sau 3 lần bán đấu giá) chỉ 404 tỷ đồng, quá nhỏ so với giá trị thực tế của cảng này. Thanh tra Chính phủ đã yêu cầu Bộ GTVT chỉ đạo Vinalines thu hồi lại 75,01% cổ phần này, đồng thời hủy bỏ 2 văn bản hành chính bán vốn sai phạm.
Ông Nguyễn Hồng Trường còn liên quan tới vụ việc bán Tổng Công ty Vận tải thủy Việt Nam (Vivaso).
Theo đó, trước khi tiến hành cổ phần hóa, doanh nghiệp này có 10 doanh nghiệp con với hàng trăm đoàn tàu đang hoạt động, tuy nhiên chỉ được định giá 327 tỷ đồng. Tháng 3-2014, Bộ GTVT đã yêu cầu Vivaso đàm phán bán cho Công ty Liên hợp Xây dựng Vạn Cường 77% cổ phần Vivaso. Sau cổ phần hóa, Vivaso không có hoạt động nào về đầu tư vận tải thủy mà chỉ cho thuê trụ sở, kho bãi...
Ngoài cảng Quy Nhơn, Vivaso, nhiều doanh nghiệp lớn của ngành GTVT cổ phần hóa bị thoái vốn khi chưa niêm yết trên thị trường chứng khoán, như: Cienco 5, Tổng Công ty Thăng Long, Cienco 1, Tổng Công ty Tư vấn thiết kế GTVT, Tổng Công ty Xây dựng đường thủy, Tổng Công ty Tư vấn thiết kế GTVT (Tedi)… dẫn đến nguy cơ mất vốn hoặc vốn Nhà nước bị bán rẻ khi tiến hành thoái vốn.
Về sai phạm trong cổ phần hóa tại Tổng Công ty Cảng hàng không Việt Nam (ACV), ông Nguyễn Hồng Trường là người ký kiến nghị xin được cổ phần hóa ACV trong năm 2014 để huy động nguồn lực thực hiện các siêu dự án. Dự kiến, sau cổ phần hóa, Nhà nước vẫn nắm giữ trên 75% vốn điều lệ của ACV. Tổng tài sản của công ty mẹ tính đến cuối năm 2013 lên đến trên 30.000 tỷ đồng, gấp đôi vốn điều lệ và doanh thu khoảng 8.400 tỷ đồng.
Đến ngày 1-4-2016, ACV chính thức chuyển sang hoạt động theo mô hình công ty cổ phần, bất chấp việc cổ phần hóa đã bị Bộ Tài chính và Bộ KH-ĐT không đồng thuận do lo ngại về an ninh quốc phòng cũng như quản lý ngân sách nhà nước khi cổ phần hóa. Hơn nữa, trong phương án cổ phần hóa doanh nghiệp này, tài sản tại khu phục vụ hoạt động bay (trừ sân đỗ) bị loại ra khỏi giá trị thực tế của doanh nghiệp để cổ phần hóa.
Ngày 22-1-2019, Thanh tra Bộ Tài chính đã có kết luận thanh tra số 72/KL-TTr về việc chấp hành pháp luật về tài chính, kế toán và thuế tại ACV. Trong đó, cơ quan thanh tra chỉ ra hàng loạt sai phạm trong quá trình hoạt động, kinh doanh của ACV, kể cả những dấu hiệu ACV đã xóa nợ nhiều tỷ đồng khi chưa xác định được nguyên nhân…
