Tháng 5-2024, cơ quan điều tra đã ban hành kết luận điều tra vụ án trên, nhưng đến tháng 7-2024, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao có quyết định trả hồ sơ để điều tra bổ sung.
Quá trình điều tra bổ sung, cơ quan điều tra đã áp dụng biện pháp tạm giam đối với 9 bị can bị khởi tố trước đó gồm: Phan Văn Sang, Hoàng Quốc Vượng, Phương Hoàng Kim, Trịnh Văn Đoàn, Trần Quốc Hùng. Thời hạn tạm giam từ ngày 13-7-2024 đến ngày 8-9-2024. Trong bản kết luận điều tra ban đầu, 9 bị can này bị đề nghị truy tố tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ”.
Cùng với đó, cơ quan điều tra khởi tố thêm 3 bị can ở Cục Thuế tỉnh Bình Phước gồm: Nguyễn Duy Khánh (cựu Phó Cục trưởng), Trần Văn Định (cựu Trưởng phòng tuyên truyền hỗ trợ người nộp thuế) và Phạm Quang Vinh (cựu Phó trưởng phòng Thanh tra - kiểm tra 1).
Bên cạnh đó, cơ quan điều tra cũng ra lệnh hoãn xuất cảnh đối với nhiều cá nhân liên quan khác.
Theo kết quả điều tra bổ sung, cựu Thứ trưởng Bộ Công thương Hoàng Quốc Vượng và bị can Phương Hoàng Kim (cựu Cục trưởng Cục Điện lực và năng lượng tái tạo, Bộ Công thương) đã có hành vi lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ trong việc Bộ Công thương tham mưu cho Thủ tướng thực hiện quy định về diện đối tượng và điều kiện được hưởng chính sách giá điện ưu đãi. Cơ quan điều tra cáo buộc, hành vi phạm tội của 2 bị can gây thiệt hại cho Tập đoàn Điện lực Việt Nam (EVN) số tiền 937 tỷ đồng.
Cũng với hành vi lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ, cơ quan điều tra còn đề nghị truy tố 7 bị can khác gồm: Trịnh Văn Đoàn, Trần Quốc Hùng, Nguyễn Danh Sơn, Nguyễn Hữu Khải, Đỗ Ngọc Tuyền, Trương Hoàng Dũng, Phan Văn Sang. Các bị can này có hành vi sai phạm khi Cục Điều tiết điện lực Bộ Công thương cấp giấy phép hoạt động điện lực, Công ty Mua bán điện công nhận ngày vận hành thương mại, Cục Thuế tỉnh Bình Phước hoàn thuế giá trị gia tăng cho Công ty cổ phần năng lượng Lộc Ninh 3.
Theo kết luận điều tra, từ tháng 10 đến tháng 12-2020, Công ty Lộc Ninh 3 hoàn thành đầu tư xây dựng và vận hành thương mại Nhà máy điện mặt mặt trời Lộc Ninh 3 tại xã Lộc Tấn, huyện Lộc Ninh, Bình Phước trên diện tích 149,5ha đất sản xuất thuộc quyền sử dụng của Công ty TNHH MTV Cao su Lộc Ninh.
Tuy nhiên, cơ quan thẩm quyền chưa có quyết định thu hồi đất, giao đất, cho thuê đất và chuyển mục đích sử dụng đất rừng sản xuất sang đất công trình năng lượng. Công ty này không được cấp phép xây dựng, không có quyết định chủ trương đầu tư.
Cơ quan điều tra cáo buộc Công ty Lộc Ninh 3 đã vi phạm các quy định của Luật Đầu tư. Theo quy định của Bộ Tài chính, dự án trên thuộc trường hợp không được hoàn thuế giá trị gia tăng. Tuy nhiên, tháng 4-2021, Công ty Lộc Ninh 3 vẫn đề nghị hoàn thuế số tiền 145 tỷ đồng.
Cơ quan tố tụng xác định, việc Cục Thuế tỉnh Bình Phước cho Công ty Lộc Ninh 3 hoàn thuế là trái quy định pháp luật về hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư, gây thiệt hại ngân sách 145 tỷ đồng.
