Theo đó, để che giấu hành vi trốn thuế của mình, Bùi Quang Huy đã chỉ đạo Nguyễn Thị Bích Hằng, cựu Kế toán trưởng Công ty Nhật Cường và Nguyễn Bảo Ngọc, cựu Giám đốc tài chính ghi chép số liệu liên quan đến hoạt động kinh doanh của Công ty Nhật Cường tại 2 hệ thống sổ sách trên phần mềm ERP và MISA. Trong đó, có nhiều số liệu về tài sản, nguồn vốn, doanh thu, lợi nhuận, chi phí, tiền đầu tư cho các công ty con do Bùi Quang Huy thành lập... chỉ được ghi chép trên phần mềm ERP để theo dõi nội bộ, không ghi chép trên phần mềm MISA để đưa vào các báo cáo thuế, báo cáo tài chính, kê khai với cơ quan quản lý Nhà nước.
Cơ quan điều tra xác định, hành vi trên của Huy và đồng phạm, chỉ tính tiền phần nghĩa vụ nộp thuế trong các hoạt động kinh doanh đã gây hậu quả nghiêm trọng thiệt hại tài sản nhà nước là gần 30 tỷ đồng (theo kết quả giám định). Bên cạnh đó, hành vi lập 2 hệ thống sổ sách kế toán còn nhằm mục đích che giấu hoạt động kinh doanh bất hợp pháp (buôn lậu, rửa tiền... ), tránh sự kiểm tra, phát hiện của các cơ quan chức năng. Với hành vi này của Bùi Quang Huy đã phạm vào tội “Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng” với vai trò chủ mưu, cầm đầu.
Khai tại cơ quan điều tra, bị can Nguyễn Thị Bích Hằng cho rằng, Công ty Nhật Cường kinh doanh buôn bán các loại điện thoại, phụ kiện điện thoại có nguồn gốc nhập khẩu và mua trong nước có hóa đơn (có nộp thuế và không có hóa đơn, chứng từ (không nộp thuế).
Bị can Hằng khai, Bùi Quang Huy chỉ đạo sử dụng 2 phần mềm ERP và MISA để ghi chép số liệu hoạt động kinh doanh. Trong đó, phần mềm ERP ghi chép đầy đủ số liệu hàng hóa Công ty Nhật Cường mua vào, bán ra (hàng hóa có hóa đơn, chứng từ, có nộp thuế và hàng hóa không có hóa đơn, chứng từ, không nộp thuế), nhằm mục đích phản ánh chính xác doanh thu, lợi nhuận để quân lý toàn bộ hoạt động kinh doanh. Trong khi đó, phần mềm MISA chỉ ghi chép số liệu hàng hóa mua vào, bán ra có hóa đơn chứng từ (có nộp thuế) để phục vụ việc kê khai nộp thuế, lập sổ sách kế toán, báo cáo thuế, báo cáo tài chính gửi các cơ quan quản lý nhà nước.
Nguyễn Thị Bich Hằng cũng khai, được Bùi Quang Huy giao phụ trách công tác kế toán của Công ty Nhật Cường. Hằng sử dụng phần mềm kế toán MISA để kê khai thuế, lập sổ sách kế toán, báo cáo tài chính, báo cáo thuế để nộp cho cơ quan thuế. Quá trình kê khai thuế, lập sổ sách kế toán, Hằng chỉ ghi chép số liệu liên quan đến việc mua vào, bán ra hàng hóa có hóa đơn, chứng từ, có nộp thuế vào sổ sách kế toán trên phần mềm MISA, không ghi chép số liệu liên quan đến việc mua vào, bán ra hàng hóa không có hóa đơn, chứng từ, không nộp thuế. Bị can Hằng cũng không ghi chép số liệu trên phần mềm ERP, nhưng được cấp quyền truy cập phần mềm ERP để xem, trích xuất các số liệu về hoạt động kinh doanh của Công ty Nhật Cường.
Tại cơ quan điều tra, Hằng thừa nhận số liệu ghi chép trên phần mềm ERP và số liệu ghi chép trên phần mềm MISA có sự chênh lệch lớn, có nhiều số liệu về tài sản, nguồn vốn, doanh thu, lợi nhuận, chi phí, tiền đầu tư vào các công ty do Bùi Quang Huy thành lập... chỉ được ghi nhận trên phần mềm ERP để theo dõi nội bộ mà không được ghi nhận trên phần mềm MISA để lập báo cáo thuế, báo cáo tài chính kê khai với cơ quan Nhà nước.
“Việc ghi chép không đầy đủ, để ngoài số sách kế toán báo cáo với cơ quan nhà nước nhiều số liệu về tài sản, nguồn vốn, doanh thu, chi phí là vi phạm pháp luật, vi phạm các quy định về kế toán, gây thiệt hại”, kết luận điều tra nêu.
