Theo đó, hội đồng xét xử (HĐXX) Tòa án nhân dân TP Hà Nội cho rằng, chịu trách nhiệm chính trong vụ án này là bị cáo Phùng Anh Lê.
Các bị cáo tại tòa Còn các bị cáo Nguyễn Đức Châu, Lê Đình Trung, Vũ Công Ngọc là cấp dưới, biết chỉ đạo của ông Lê sai quy định nhưng vẫn thực hiện. Tuy nhiên, HĐXX đánh giá 3 bị cáo này đều có thái độ ăn năn, hối cải và khai báo thành khẩn nên nhận thấy đề nghị của VKS là có căn cứ.
Từ những nhận định nêu trên, HĐXX tuyên phạt bị cáo Phùng Anh Lê 7 năm 6 tháng tù về tội "Nhận hối lộ".
Bị cáo Nguyễn Đức Châu bị tuyên phạt 10 tháng 28 ngày tù (bằng thời hạn tạm giam), trả tự do cho bị cáo Châu tại tòa. Bị cáo Vũ Công Ngọc lĩnh 6 tháng tù treo. Bị cáo Lê Đình Trung lĩnh 4 tháng 12 ngày tù (bằng thời hạn tạm giam).
Theo HĐXX, căn cứ các tài liệu chứng cứ đã thu thập được, trong đó kết quả trích xuất dữ liệu về viễn thông, danh sách list liên lạc điện thoại và hồ sơ vụ án, tòa sơ thẩm nhận thấy trong quá trình điều tra, lời khai và diễn giải của 4 bị cáo cùng một số người liên quan có nhiều nội dung chưa thống nhất. Hiện nay, bộ hồ sơ liên quan Nguyễn Hữu Tài tại Công an quận Tây Hồ cũng chưa được tìm ra.
Từ diễn biến điều tra, truy tố và xét xử, HĐXX xác định sau khi Nguyễn Hữu Tài ra đầu thú rồi bị tạm giữ khuya 22-9-2016, người thân của Tài đã nhờ ông Phùng Văn Bảy (chú họ của bị cáo Lê) gặp ông Lê để nhờ giúp đỡ cho nghi phạm này không bị xử lý hình sự.
Khi gặp chú họ, cựu đại tá Phùng Anh Lê đã đề nghị phải đưa 110 triệu đồng để cho Tài và phía bị hại hòa giải. Sau đó, người thân của Tài đã chuẩn bị tiền và vay mượn thêm, rồi chuyển cho ông Bảy để người trung gian này chuyển cho bị cáo Lê.
Sau khi ông Bảy gặp và để tiền tại phòng làm việc của bị cáo Lê rồi ra về, bị cáo đã yêu cầu Nguyễn Đức Châu, Vũ Công Ngọc mang hồ sơ vụ việc liên quan Nguyễn Hữu Tài đến để xem. Lúc đó, Tài đã được đưa vào nhà tạm giữ của Công an quận Tây Hồ. Đêm 22-9-2016, bị cáo Lê chỉ đạo cấp dưới đến nhà tạm giữ đưa Tài ra ngoài, cho viết cam đoan rồi thả về.
Quá trình xét xử, bị cáo Lê cho rằng không hề có quyết định tạm giữ hình sự nào đối với Nguyễn Hữu Tài. Bị cáo Lê khai chỉ có quyết định số 247 do bị cáo ký nhưng là để tạm giữ bị can tên Lợi (bị bắt theo lệnh truy nã).
“Sự việc Nguyễn Hữu Tài xảy ra đã lâu, ngoài bị cáo không thừa nhận thì những người liên quan khác đều có lời khai phù hợp với diễn biến logic của sự việc”, chủ tọa công bố.
Trên cơ sở đó, HĐXX có đủ căn cứ kết luận đêm 22-9-2016, tại phòng làm việc của mình, bị cáo Phùng Anh Lê đã nhận 110 triệu đồng từ ông Bảy. Sau đó, bị cáo chỉ đạo thuộc cấp thả Tài ra về dù biết vụ việc này đã được Công an quận Tây Hồ thụ lý. Như vậy, cáo trạng của VKS truy tố bị cáo Lê và 3 bị cáo khác là đúng người, đúng tội và không oan.
