Các bị cáo trong vụ án là: Nguyễn Đức Chung (sinh năm 1967, cựu Chủ tịch UBND TP Hà Nội); Phạm Quang Dũng (sinh năm 1983, cựu cán bộ Cục Cảnh sát điều tra tội phạm về tham nhũng, kinh tế, buôn lậu – C03, Bộ Công an); Nguyễn Hoàng Trung (sinh năm 1983, cựu cán bộ Công an TP Hà Nội, biệt phái công tác tại Phòng Thư ký – Biên tập, Văn phòng UBND TP Hà Nội); Nguyễn Anh Ngọc (sinh năm 1974, cựu Phó Trưởng Công an quận Cầu Giấy, Hà Nội, biệt phái công tác và giữ chức vụ Phó trưởng Phòng Thư ký - Biên tập, Văn phòng UBND TP Hà Nội).
Bào chữa cho ông Nguyễn Đức Chung gồm có 4 luật sư: Trương Trọng Nghĩa, Nguyễn Văn Tú, Trần Hoàng Anh và Nguyễn Thị Hoài Linh.
Trước đó, cáo trạng xác định ông Nguyễn Đức Chung có vai trò chủ mưu trong vụ án chiếm đoạt tài liệu mật liên quan vụ án Nhật Cường. Cụ thể, từ tháng 5-2019, C03 khởi tố, điều tra vụ án hình sự buôn lậu; vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng; rửa tiền và vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng xảy ra tại Công ty Nhật Cường. Trong hồ sơ vụ án có tên của ông Nguyễn Đức Chung và vợ ông là bà Nguyễn Thị Trúc Chi Hoa là người có quyền lợi và nghĩa vụ liên quan.
Bị cáo Nguyễn Đức Chung biết điều này nên thông qua trung gian để liên hệ với bị can Phạm Quang Dũng (được trưng dụng hỗ trợ điều tra vụ án Nhật Cường).
Để có tài liệu đưa cho ông Chung, bị can Dũng đã in những tài liệu mình có sẵn đưa cho bị can Nguyễn Hoàng Trung (lái xe của ông Chung). Ngoài ra, đối với các tài liệu không có sẵn thì Dũng thực hiện hành vi lấy trộm, đánh chìa khóa phòng lãnh đạo C03 để vào trộm tài liệu. Sau đó, Dũng gửi tài liệu cho ông Chung hoặc đưa bản giấy cho bị can Nguyễn Hoàng Trung.
Cáo trạng xác định: Bị cáo Phạm Quang Dũng 5 lần thu thập 9 tài liệu thuộc danh mục bí mật nhà nước độ "Mật" liên quan đến vụ án Công ty Nhật Cường. Dũng gửi tổng cộng 6 tài liệu "Mật" cho ông Nguyễn Đức Chung.