Cấp dưới của bị can Thái là Lê Hoàng Hải (cựu Phó Tổng Giám đốc); Phạm Gia Thạch (thành viên HĐTV, cựu Kế toán trưởng) bị truy tố về tội "Vi phạm đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng".
Cùng tội danh trên, Viện Kiểm sát truy tố bị can Nguyễn Thị Thanh Thủy, Đinh Quốc Khánh (cựu Trưởng Ban và Phó trưởng Ban Kế hoạch marketing, NXB GDVN).
Theo cáo trạng, việc mua giấy in sách giáo khoa là hoạt động thường xuyên của NXB GDVN, sử dụng nguồn vốn sản xuất kinh doanh. Trước năm 2017, đơn vị này đều áp dụng hình thức "chào giá".
Từ năm 2017, bị can Thái được bổ nhiệm làm Chủ tịch HĐTV kiêm đại diện pháp luật của NXB GDVN, có quyền quyết định trong việc mua sắm giấy in phục vụ in sách giáo khoa.
Trên cương vị này, bị can Thái bị cáo buộc đã chỉ đạo lựa chọn mua giấy in theo phương thức chào hàng cạnh tranh rút gọn trái quy định nhằm hạn chế sự tham gia của các nhà thầu có năng lực. Trong quá trình thực hiện các gói thầu được giao với tổng giá trị hơn 452 tỷ đồng, bị can Thái đã nhận hối lộ của 2 nhà thầu là Công ty Phùng Vĩnh Hưng và Công ty Minh Cường Phát tổng số tiền 24,9 tỷ đồng.
Cáo trạng thể hiện, ngay khi bị can Thái được bổ nhiệm chức vụ Chủ tịch HĐTV NXB, lãnh đạo 2 công ty trên đã đến gặp vừa để giới thiệu về công ty vừa nhờ ông tạo điều kiện giúp đỡ cho trúng thầu và “sẽ cảm ơn”. Sau khi thống nhất với Nguyễn Trí Minh (Giám đốc Công ty Minh Cường Phát) và Tô Mỹ Ngọc (Chủ tịch HĐQT Công ty Phùng Vĩnh Hưng), bị can Thái đã chỉ đạo cấp dưới lựa chọn phương thức “chào hàng cạnh tranh rút gọn” và đưa 2 công ty này vào “danh sách ngắn” được nhận yêu cầu báo giá trái quy định.
Năm 2017, Công ty Phùng Vĩnh Hưng trúng 3 gói thầu tổng trị giá hơn 282 tỷ đồng. Nữ Chủ tịch Công ty Phùng Vĩnh Hưng đã chuẩn bị số tiền 3 tỷ đồng bay từ TPHCM ra Hà Nội gặp bị can Thái. Cuộc gặp diễn ra tại phòng làm việc của bị can Thái, tại đây, bị can Ngọc để túi tiền ở cạnh bàn uống nước và nói có chút “quà biếu cảm ơn đã giúp công ty trúng thầu”.
Cuộc gặp kết thúc, bị can Thái mở túi kiểm tra và cất tiền vào két sắt trong phòng làm việc. Trong 4 năm tiếp theo (từ 2018-2021), Công ty Phùng Vĩnh Hưng đã tham gia và trúng 10 gói thầu. Bị can Ngọc đã đến phòng làm việc của bị can Thái định kỳ mỗi năm 1 lần để đưa tiền 4 tỷ đồng mỗi lần.
Cũng theo cáo trạng, trong khoảng thời gian trên, bị can Thái đã nhận tổng số tiền 16 tỷ đồng, khi nhận tiền ông đều cất vào két sắt trong phòng làm việc của mình.
Bên cạnh đó, vào dịp Tết Nguyên đán của 5 năm liên tiếp, từ 2018 đến 2022, bị can Ngọc đều cảm ơn bị can Thái 200 triệu đồng mỗi năm, tổng là 1 tỷ đồng.
Như vậy, từ 2017-2022, Chủ tịch HĐQT Công ty Phùng Vĩnh Hưng đã đưa hối lộ cho bị can Thái tổng cộng 20 tỷ đồng vì được tạo điều kiện trúng 13 gói thầu tổng trị giá hơn 2.100 tỷ đồng.
Cùng với đó, bị can Thái còn bị cáo buộc nhiều lần nhận tiền "giúp đỡ" Nguyễn Trí Minh (Giám đốc Công ty TNHH giấy Minh Cường Phát). Theo cáo trạng, khoảng tháng 7-2017, bị can Nguyễn Trí Minh đến phòng làm việc của bị can Thái để gặp và giới thiệu công ty của mình là đối tác cung cấp giấy từ những năm trước.
Đồng thời, bị can Minh đề nghị được tạo điều kiện cho doanh nghiệp của mình được tiếp tục là đối tác cung cấp giấy. Công ty này sau đó được đưa vào danh sách trúng gói thầu số 6. Tháng 9-2017, bị can Minh mang theo một hộp bánh, chai rượu và 400 triệu đồng bỏ vào túi giấy đến phòng làm việc đưa cho bị can Thái để cảm ơn. Đồng thời, bị can Minh đề nghị và được bị can Thái đồng ý cho công ty trúng gói thầu số 7.
Nhận lời đề nghị trên, bị can Thái sau đó chỉ đạo cấp dưới hợp thức hóa thủ tục để doanh nghiệp của bị can Minh trúng thầu. Cũng như lần trước, sau khi nhờ vả thành công, bị can Nguyễn Trí Minh cũng bay từ TPHCM ra Hà Nội. Sau khi xuống sân bay Nội Bài, Minh đến ngân hàng rút 2,5 tỷ để vào túi nilon màu đen. Bị can Minh sau đó mua 1 hộp bánh, 1 chai rượu mang theo túi bóng đựng 2,5 tỷ đồng đến phòng làm việc gặp bị can Thái.
Tại đây, bị can Nguyễn Trí Minh để túi quà đựng tiền dưới đất gần phía đầu bàn uống nước rồi cảm ơn bị can Thái vì đã tạo điều kiện cho trúng thầu. Bên cạnh đó, từ năm 2018 đến 2020, để được vào danh sách tham dự và cung ứng giấy in, bị can Nguyễn Trí Minh đều đến gặp, đề nghị và được bị can Thái đồng ý cho tiếp tục tham gia chào hàng, cung cấp giấy in.
Nhờ sự giúp đỡ của bị can Thái, doanh nghiệp của bị can Minh trúng 3 gói thầu. Giám đốc doanh nghiệp sau đó 3 lần mang theo túi quà với tổng số tiền 2 tỷ đồng đến gặp cảm ơn bị can Thái. Viện Kiểm sát cáo buộc từ năm 2017 - 2020, Nguyễn Trí Minh đã đưa hối lộ tổng số tiền 4,9 tỷ đồng cho bị can Nguyễn Đức Thái để được tạo điều kiện trúng các gói thầu.
Tại cơ quan điều tra, bị can Thái khai tất cả những lần đưa tiền hối lộ, chỉ có 2 người trong phòng làm việc, nên lúc đưa tiền không ai chứng kiến. Nhận tiền xong, ông đều cất tiền vào két sắt sau bàn làm việc và sử dụng để chi tiêu cá nhân.
