Trong vụ án này, có 5 người là các cựu lãnh đạo, nhân viên NXB bị đề nghị truy tố tội "Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng" gồm: Nguyễn Thị Thanh Thủy (cựu Trưởng Ban Kế hoạch Maketing), Đinh Quốc Khánh (cựu Phó trưởng Phòng in), Phạm Gia Thạch (cựu thành viên Hội đồng thành viên), Hoàng Lê Bách và Lê Hoàng Hải (cùng là cựu Phó Giám đốc).
Riêng bị can Nguyễn Đức Thái (cựu Chủ tịch Hội đồng thành viên NXB) bị cáo buộc phạm tội "Nhận hối lộ" hơn 24 tỷ đồng. Các bị can Tô Mỹ Ngọc (Chủ tịch HĐQT Công ty Phùng Vĩnh Hưng) và Nguyễn Trí Minh (Giám đốc Công ty Giấy Minh Cường Phát) bị đề nghị truy tố cùng về tội "Đưa hối lộ".
Theo kết luận điều tra, năm 2017, bị can Nguyễn Đức Thái được bổ nhiệm là Chủ tịch Hội đồng thành viên NXB. Theo đề nghị của bị can Tô Mỹ Ngọc và Nguyễn Trí Minh, bị can Thái đã chỉ đạo thực hiện việc đấu thầu giấy in sai quy định.
Theo đó, các bị can trên đã lựa chọn mua sắm giấy in theo phương thức chào hàng cạnh tranh rút gọn trái quy định của Luật Đấu thầu. Việc này bị cáo buộc để hạn chế sự tham gia của các nhà thầu có năng lực; đồng thời cũng là để tạo điều kiện cho Công ty Phùng Vĩnh Hưng và Công ty Minh Cường Phát được cung cấp giấy in cho NXB.
Với 7 gói thầu giấy in, các bị can đã gây thiệt hại hơn 10 tỷ đồng. Bên cạnh đó, để được tham gia, trúng thầu, nhóm bị can Tô Mỹ Ngọc và Nguyễn Trí Minh nhiều lần hối lộ bị can Nguyễn Đức Thái. Kết quả điều tra cho thấy, từ năm 2017, bị can Tô Mỹ Ngọc đã gặp, đặt vấn đề, hứa hẹn cảm ơn và được bị can Nguyễn Đức Thái đồng ý tạo điều kiện cho tham gia, trúng thầu cung cấp giấy in sách giáo khoa, sách bài tập phục vụ năm học 2018-2019.
Theo cáo buộc, sau khi trúng thầu, bị can Tô Mỹ Ngọc tự chuẩn bị 3 tỷ đồng đựng trong túi xách giấy. Sau đó, Ngọc nhắn tin hẹn gặp bị can Thái. Kết luận điều tra miêu tả, bị can Tô Mỹ Ngọc xách túi đựng tiền đến phòng làm việc của bị can Thái tại tầng 9 trụ sở NXB, sau đó để túi tiền cạnh bàn uống nước và nói có "chút quà biếu cảm ơn". Khi bị can Ngọc ra về, bị can Thái mở túi kiểm tra và cất tiền tại két sắt trong phòng làm việc.
Cũng theo kết luận điều tra, từ năm 2018 đến năm 2021, các công ty của bị can Tô Mỹ Ngọc tham gia và trúng 10 gói thầu, tổng trị giá hơn 1.500 tỷ đồng. Sau khi được bị can Thái giúp đỡ, trúng thầu và ký hợp đồng, bị can Tô Mỹ Ngọc đều đến phòng làm việc của bị can Thái, đưa đều đặn 4 tỷ đồng/năm để cảm ơn. Trong 4 năm liền, cách thức đưa tiền đều giống nhau, thường vào các dịp cuối năm hoặc đầu năm dương lịch, bị can Ngọc tự chuẩn bị số tiền 4 tỷ đồng, sau đó mang đến phòng làm việc của Nguyễn Đức Thái rồi để lại.
Bên cạnh đó, vào dịp Tết Nguyên đán từ năm 2018 - 2022, bị can Tô Mỹ Ngọc đều đặn cảm ơn bị can Thái số tiền 200 triệu đồng/năm, tổng số tiền 1 tỷ đồng. Cơ quan tố tụng cáo buộc bị can Thái nhận hối lộ từ bị can Tô Mỹ Ngọc tổng cộng 20 tỷ đồng và đã giúp nhóm công ty của Ngọc trúng 13 gói thầu, tổng trị giá hơn 2.100 tỷ đồng.
Trong khi đó, với bị can Nguyễn Trí Minh, cơ quan điều tra cáo buộc năm 2017, người này cũng đến gặp bị can Nguyễn Đức Thái, tự giới thiệu là đối tác cung cấp giấy nhiều năm cho NXB. Bị can Nguyễn Trí Minh đề nghị và được bị can Thái đồng ý tạo điều kiện cho doanh nghiệp của Minh được tiếp tục cung cấp giấy cho NXB. Sau đó, Công ty Minh Cường Phát của Minh được đưa vào danh sách và được tham dự và trúng 1 gói thầu. Để cảm ơn, bị can Minh đã biếu 400 triệu đồng kèm hộp bánh, chai rượu.
Cơ quan điều tra cũng cáo buộc, bị can Nguyễn Trí Minh còn nhiều lần hối lộ bị can Nguyễn Đức Thái, tổng số hơn 4 tỷ đồng. Nhờ vậy, Công ty Giấy Minh Cường Phát của bị can Minh đã trúng 5 gói thầu của NXB, tổng trị giá hơn 200 tỷ đồng.
