Theo cáo trạng, ngày 19-7-2022, cơ quan điều tra triệu tập Trần Minh Tuấn (Giám đốc Công ty Thái Hòa) làm việc liên quan tới vụ án, nhưng Nguyễn Xuân Thông gọi điện đến cơ quan điều tra, giới thiệu là công an và đề nghị điều tra viên cho Trần Minh Tuấn được lùi thời gian làm việc vào ngày khác. Cáo buộc còn cho biết, bị cáo Thông gặp Tuấn cùng một số người khác tại một quán ăn ở Hà Nội và hướng dẫn Tuấn khai báo theo hướng có lợi cho Tuấn khi làm việc với cơ quan điều tra.
Tại buổi ăn, Tuấn nói đã cầm hơn 10 tỷ đồng của Phạm Bích Hằng (đã bị xử lý trong giai đoạn 1 của vụ án) để đưa hối lộ cho những người có thẩm quyền và xin thủ tục tổ chức chuyến bay giải cứu. Sau đó, bị cáo Thông và những người có mặt cùng thảo luận, rồi thống nhất: Tuấn không được khai về số tiền nhận của Hằng để đi đưa hối lộ. Những nội dung khác, Tuấn được hướng dẫn "cứ khai không biết, để về suy nghĩ rồi trả lời sau" với mục đích sẽ tìm cách khai theo hướng khác.
Sau khi khai báo theo hướng dẫn của Thông, bị cáo Tuấn bỏ trốn đến ngày 25-11-2022 thì bị bắt tại Thừa Thiên Huế. Thời gian sau đó, Tuấn tiếp tục khai báo gian dối nhằm che giấu hành vi phạm tội. Việc này đã gây khó khăn, cản trở rất lớn cho công tác điều tra. Với hành vi trên, bị cáo Nguyễn Xuân Thông bị truy tố về tội "Che giấu tội phạm".
Chiều 25-12, được tự bào chữa trong hơn 2 phút, bị cáo Thông thừa nhận hành vi phạm tội của mình và nói rằng, đây là vết nhơ theo suốt cuộc đời của bị cáo. Bị cáo Thông cho rằng, chỉ vì nể nang nên mới dẫn đến hành vi phạm tội, mất hết tất cả trong 30 năm phấn đấu ở lực lượng công an. Bị cáo cũng nói, trước khi ngồi ở phòng xét xử, bị cáo đã phải đấu tranh tâm lý và suy nghĩ rất nhiều.
"Bị cáo đã để lại những vết nhơ trong cuộc đời, nói chung là rất buồn. Bị cáo xin hội đồng xét xử, đại diện viện kiểm sát mở lòng bao dung để bị cáo sớm có cơ hội làm lại cuộc đời, tái sinh lại cuộc đời", bị cáo Thông mong muốn.
Chiều cùng ngày, đối đáp lại các quan điểm bào chữa cho các bị cáo và của các luật sư, đại diện viện kiểm sát khẳng định, để buộc tội các bị cáo, cơ quan công tố ngoài xét tới hành vi, mức độ phạm tội của từng người, còn xét đến nhân thân, quá trình công tác, các tình tiết tăng nặng, giảm nhẹ để đề nghị mức án.
Với quan điểm bào chữa cho bị cáo Trần Tùng (cựu Phó Giám đốc Sở Ngoại vụ tỉnh Thái Nguyên), đại diện viện kiểm sát đề nghị bác bỏ các quan điểm của luật sư. Đồng thời đề nghị tịch thu cho vào công quỹ nhà nước đối với số tiền 4,4 tỷ đồng nhận hối lộ và 3,2 tỷ đồng hưởng lợi từ hành vi lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ của bị cáo Trần Tùng.
