Theo cáo trạng, bị can Nguyễn Xuân Thông có quen biết với Trần Minh Tuấn (bị can giai đoạn 1 vụ án) từ năm 2009, quá trình quen biết, Tuấn thường xuyên gặp gỡ và lôi kéo Thông tham gia cùng thực hiện các công việc với Tuấn.
Tháng 6-2021, Nguyễn Xuân Thông được Trần Minh Tuấn trao đổi, bàn bạc về việc Tuấn đang thực hiện việc tổ chức chuyến bay đưa người lao động Việt Nam ở nước ngoài về nước tránh dịch Covid-19.
Tuấn cho Thông biết có mối quan hệ và nhờ được 4 bộ trong tổ công tác 5 bộ giúp đỡ, còn Bộ Công an thì Tuấn nhờ Thông kết nối, tác động đến Cục Quản lý xuất nhập cảnh Bộ Công an (A08).
Theo đề nghị của Tuấn, Nguyễn Xuân Thông đã nhờ A08 kiểm tra, sớm ban hành văn bản đồng ý cho Công ty Xây dựng và quản lý nguồn nhân lực Quang Trung được tổ chức, thực hiện chuyến bay. Sau khi có văn bản đồng ý của A08, doanh nghiệp trên đã tổ chức đưa người lao động từ Đài Loan về tỉnh Hải Dương cách ly.
Theo viện kiểm sát, trong khoảng 2 tháng cuối năm 2021, Trần Minh Tuấn nhiều lần gửi cho Nguyễn Xuân Thông qua ứng dụng Zalo ảnh chụp các văn bản về chủ trương, kế hoạch tổ chức các chuyến bay đón công dân về nước; văn bản đề nghị của Công ty TNHH Du lịch và Sự kiện bầu trời Hà Nội, Công ty TNHH Du lịch Quốc tế; các văn bản của UBND TP Hà Nội, Sở Y tế TP Hà Nội đồng ý tiếp nhận, cách ly y tế đối với công dân Việt Nam theo đề xuất của Công ty TNHH Du lịch và Sự kiện bầu trời Hà Nội, Công ty TNHH Du lịch Quốc tế...
Đáng chú ý, trong đó có công văn của Bộ Y tế, công văn của Bộ Ngoại giao có đóng dấu “Mật”. Tuy vậy, Tuấn tiếp tục cho Thông biết các bộ còn lại Tuấn vẫn “xử lý được ”, đề nghị Thông tiếp tục can thiệp, tác động đến A08 để giải quyết thủ tục xin cấp phép tổ chức chuyến bay cho Công ty TNHH Du lịch và Sự kiện bầu trời Hà Nội, Công ty TNHH Du lịch Quốc tế.
Bị can Nguyễn Xuân Thông đồng ý giúp Tuấn và nhiều lần liên hệ với A08, nhưng không giải quyết được.
Ngày 19-7-2022, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an triệu tập Trần Minh Tuấn đến làm việc vào ngày hôm sau (20-7). Tối hôm đó, bị can Thông đã gặp Tuấn tại Hà Nội. Tuy nhiên, bị can Thông vẫn gọi điện đến Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an tự giới thiệu đang công tác tại Cơ quan ủy ban kiểm tra Đảng ủy Công an Trung ương, đề nghị điều tra viên cho Tuấn được lùi thời gian làm việc vào ngày khác vì Tuấn đang đi công tác tại Nghệ An, không về kịp.
Một tuần sau, Trần Minh Tuấn, Phạm Bá Sơn hẹn gặp Nguyễn Xuân Thông và 1 luật sư tại quán ăn gần trụ sở Bộ Công an với mục đích để tư vấn hướng dẫn giúp Tuấn, Sơn khai báo với cơ quan điều tra về các nội dung liên quan đến vụ án theo hướng có lợi cho Tuấn và Sơn.
Tại cuộc gặp, Trần Minh Tuấn cho biết việc bản thân mình đã nhận hơn 10 tỷ đồng của Phạm Bích Hằng (bị can giai đoạn 1) để đi đưa hối lộ cho các cá nhân có thẩm quyền và chi phí trong việc xin thủ tục tổ chức chuyến bay cho một số doanh nghiệp của Hằng. Tuấn đề nghị Nguyễn Xuân Thông và bạn của Thông hướng dẫn cho mình và Sơn nên khai với cơ quan điều tra như thế nào về việc này cho có lợi.
Trước yêu cầu này, bị can Nguyễn Xuân Thông đã cùng với các cá nhân trao đổi, thảo luận và thống nhất hướng dẫn Tuấn và Sơn không được khai với cơ quan điều tra về số tiền Tuấn đã nhận của Hằng để đi đưa hối lộ, mà cần phải khai là số tiền này Tuấn đã trả lại hết cho Hằng bằng tiền mặt, có Phạm Bá Sơn chứng kiến; những nội dung khác cứ khai không biết để về suy nghĩ, trả lời sau.
Ngày 3-8-2022, Trần Minh Tuấn và Phạm Bá Sơn đến cơ quan điều tra làm việc, đều khai báo nội dung gian dối về hành vi phạm tội như đã được hướng dẫn. Sau nhiều lần trốn tránh yêu cầu triệu tập, ngày 18-10-2022, Trần Minh Tuấn đã đến làm việc với cơ quan điều tra, nhưng vẫn giữ nguyên lời khai gian dối.
Viện kiểm sát cáo buộc, để trốn tránh việc bị điều tra, xử lý, từ ngày 26-10-2022, Trần Minh Tuấn bỏ trốn khỏi nơi cư trú, dẫn đến việc cơ quan điều tra không thi hành được các thủ tục tố tụng như quyết định khởi tố bị can, thực hiện lệnh bắt bị can để tạm giam đối với Tuấn.
Chỉ đến khi, cơ quan điều tra phối hợp với các đơn vị, lực lượng chức năng của Bộ Công an mới phát hiện và bắt giữ được Tuấn khi đang lẩn trốn tại Thừa Thiên - Huế.
Quá trình bị tạm giam, Trần Minh Tuấn vẫn tiếp tục khai báo gian dối như đã được hướng dẫn để che giấu hành vi phạm tội, gây khó khăn, cản trở rất lớn cho công tác điều tra, làm rõ hành vi phạm tội của Tuấn và đồng phạm, cũng như cản trở việc mở rộng điều tra vụ án.
Cơ quan công tố cáo buộc, bị can Nguyễn Xuân Thông không hứa hẹn trước, nhưng khi biết Trần Minh Tuấn có hành vi đưa hối lộ mà vẫn hướng dẫn Tuấn khai báo gian dối để che giấu hành vi phạm tội. Hành vi của bị can Nguyễn Xuân Thông đã gây cản trở việc điều tra, truy tố, xét xử vụ án trên ở giai đoạn 1.
