Tại cơ quan điều tra, bị can Trần Văn Hiệp khai nhận, khoảng tháng 9-2020, Nguyễn Cao Trí đến UBND tỉnh gặp ông (khi đó bị can Hiệp đang là Phó Chủ tịch UBND tỉnh) để chào hỏi, làm quen. Sau khi bị can Hiệp được phê chuẩn làm Chủ tịch UBND tỉnh Lâm Đồng, Nguyễn Cao Trí đã lên Lâm Đồng gặp bị can Hiệp để báo cáo việc đã nhận chuyển nhượng dự án Sài Gòn Đại Ninh từ bà Phan Thị Hoa và mong bị can Hiệp quan tâm, ủng hộ. Trong lần gặp này, Nguyễn Cao Trí đã đưa 200 triệu đồng cho Trần Văn Hiệp nhằm đặt vấn đề giúp đỡ.
Tháng 1-2021, thực hiện chỉ đạo của Trần Đức Quận (Bí thư Tỉnh ủy) giúp Trí thay đổi đăng ký kinh doanh, bị can Trần Văn Hiệp đã chỉ đạo Bùi Sơn Điền (Giám đốc Sở KH-ĐT tỉnh Lâm Đồng) làm thủ tục thay đổi đăng ký kinh doanh, đại diện pháp luật của Công ty Sài Gòn Đại Ninh từ Phan Thị Hoa sang Nguyễn Cao Trí.
Theo kết luận điều tra, ngày 30-3-2021, bị can Trần Văn Hiệp cùng ông Trần Văn Minh (Phó Tổng Thanh tra Chính phủ) chủ trì cuộc họp tại UBND tỉnh Lâm Đồng và thống nhất hủy bỏ kiến nghị thu hồi dự án Sài Gòn Đại Ninh, cho giãn tiến độ thực hiện dự án. Nhưng vì biên bản họp do Lê Quốc Khanh (Tổ trưởng Tổ công tác) và ông Ngô Văn Ninh (Chánh Văn phòng UBND tỉnh) ký không đúng thành phần, nên ông Minh gọi Trần Văn Hiệp ra Thanh tra Chính phủ để ký lại biên bản cuộc họp, thống nhất cho gia hạn, giãn tiến độ thực hiện dự án.
Cơ quan điều tra cáo buộc, quá trình gặp gỡ bị can Hiệp để xin thay đổi đăng ký kinh doanh, đồng thuận với Thanh tra Chính phủ cho gia hạn, giãn tiến độ dự án Sài Gòn Đại Ninh; chỉ đạo các sở, ngành gia hạn dự án, tính tiền sử dụng đất để Công ty Sài Gòn Đại Ninh thực hiện nghĩa vụ tài chính, Nguyễn Cao Trí đã 7 lần đưa cho bị can Hiệp tổng số tiền 4,2 tỷ đồng.
Tới nay, bị can Trần Văn Hiệp và gia đình đã nộp khắc phục toàn bộ số tiền 4,2 tỷ đồng vào tài khoản tạm giữ của cơ quan điều tra.
Trong khi đó, tại cơ quan điều tra, bị can Trần Đức Quận khai nhận, cuối năm 2020, ông Trần Văn Minh có gọi điện giới thiệu Nguyễn Cao Trí để nhờ quan tâm, tạo điều kiện cho Trí thực hiện các thủ tục liên quan đến dự án Sài Gòn Đại Ninh. Theo lời khai bị can Quận, khoảng đầu tháng 1-2021, Nguyễn Cao Trí nhờ mình giúp thay đổi đăng ký kinh doanh. Nhận lời, bị can Quận chỉ đạo Trần Văn Hiệp và Đặng Trí Dũng (Phó Chủ tịch UBND tỉnh) giúp Trí thay đổi đăng ký kinh doanh, đại diện pháp luật từ bà Hoa sang Trí, trong khi Công ty Sài Gòn Đại Ninh chưa thực hiện nghĩa vụ tài chính, dự án còn nhiều sai phạm chưa khắc phục và đang bị Thanh tra Chính phủ kiến nghị thu hồi, thuộc diện không được thay đổi đăng ký kinh doanh.
Sau đó, quá trình Thanh tra Chính phủ thành lập tổ công tác xác minh đơn của Công ty Sài Gòn Đại Ninh, bị can Trần Văn Hiệp tham gia các cuộc họp ngày 30-3-2021 và 26-4-2021 với cơ quan thanh tra để thống nhất cho gia hạn dự án.
Tại cơ quan điều tra, bị can Quận thừa nhận việc chỉ đạo cho thay đổi đăng ký kinh doanh của Công ty Sài Gòn Đại Ninh, thay đổi người đại diện pháp luật trong khi cơ quan thanh tra đã có kiến nghị thu hồi dự án; đồng thuận với báo cáo của cơ quan thanh tra hủy bỏ kiến nghị thu hồi dự án Sài Gòn Đại Ninh là trái quy định pháp luật.
Quá trình điều tra xác định, Nguyễn Cao Trí đã nhiều lần gặp bị can Quận để nhờ Quận quan tâm, chỉ đạo giúp đỡ Trí thay đổi đăng ký kinh doanh, ủng hộ kết quả xác minh của cơ quan thanh tra và thực hiện các thủ tục cho gia hạn dự án, tính tiền sử dụng đất; đồng thời, Trí đã 5 lần đến phòng làm việc của bị can Quận tại Tỉnh ủy Lâm Đồng để gặp, đưa tổng số tiền 2,1 tỷ đồng. Tới nay, bị can Trần Đức Quận và gia đình đã nộp khắc phục toàn bộ số tiền 2,1 tỷ đồng vào tài khoản tạm giữ của cơ quan điều tra.
Ngoài các bị can đã khởi tố và đề nghị truy tố, còn có một số cá nhân tại Văn phòng Chính phủ, Thanh tra Chính phủ, Tỉnh ủy, UBND tỉnh Lâm Đồng có hành vi vi phạm liên quan ở các mức độ khác nhau, nhưng chưa đủ căn cứ xem xét trách nhiệm hình sự hoặc chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự; căn cứ tính chất, mức độ sai phạm và đường lối chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an kiến nghị các cơ quan chủ quản xem xét, xử lý nghiêm theo quy định.
Bên cạnh đó, quá trình điều tra vụ án, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an còn xác định có dấu hiệu sai phạm của một số cá nhân liên quan. Do thời hạn điều tra vụ án đã hết, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an tách thông tin, tài liệu liên quan đến hành vi sai phạm của các cá nhân này để tiếp tục điều tra, xử lý sau.