Theo đó, trong giai đoạn nâng cao chất lượng các tiêu chí từ năm 2016-2020 có các nội dung: phấn đấu số xã được công nhận đạt chuẩn NTM nâng cao đến cuối năm 2020 là 56/56 xã (hiện nay đạt 50/56 xã); sẽ có 4/5 huyện được Thủ tướng Chính phủ công nhận huyện đạt chuẩn NTM. Hiện nay, 3 huyện được công nhận là Củ Chi, Hóc Môn và Nhà Bè; dự kiến cuối năm 2020 thêm huyện Cần Giờ.
Giai đoạn 2021-2025 phấn đấu 50% số xã đạt chuẩn NTM kiểu mẫu, những xã còn lại đạt chuẩn NTM nâng cao giai đoạn trước đó (2016-2020), đáp ứng đầy đủ mức đạt chuẩn theo yêu cầu của Bộ tiêu chí quốc gia về xây dựng NTM nâng cao giai đoạn 2021-2025. Cấp huyện phấn đấu 5/5 huyện đạt chuẩn NTM (thêm huyện Bình Chánh), trong đó có 1 huyện được công nhận huyện NTM nâng cao và kiểu mẫu. Với việc đến cuối năm 2020 56/56 xã ngoại thành được công nhận đạt chuẩn thì TPHCM được xem như hoàn thành cơ bản nhiệm vụ xây dựng NTM.