Điểm mới trong dự thảo thông tư này là, công ty chứng khoán phải quản lý tách bạch tiền gửi giao dịch chứng khoán của từng khách hàng, tách bạch tiền của khách hàng với tiền của công ty chứng khoán. Hoạt động tiếp nhận và chi trả tiền để giao dịch giữa công ty chứng khoán với khách hàng phải thực hiện qua ngân hàng, không được nhận và chi trả tiền mặt.
Ngoài ra, dự thảo cũng quy định công ty chứng khoán phải thiết lập hệ thống kế toán để quản lý tiền gửi của từng nhà đầu tư. Khi nhà đầu tư hoặc các cơ quan có thẩm quyền yêu cầu, công ty chứng khoán phải sao kê giao dịch của từng khách hàng hoặc số dư tiền (nếu có).
Công ty chứng khoán không được nhận ủy quyền của khách hàng thực hiện chuyển tiền nội bộ giữa các tài khoản của các khách hàng. Trước 16 giờ thứ hai hàng tuần hoặc ngày làm việc đầu tiên của tuần, công ty chứng khoán có tài khoản chuyên dụng phải báo cáo Ủy ban Chứng khoán Nhà nước số lượng khách hàng, số dư tiền của khách hàng tại tài khoản chuyên dụng của công ty chứng khoán mở tại ngân hàng thương mại theo mẫu quy định. Số liệu báo cáo nêu trên được chốt tại thời điểm cuối ngày làm việc liền trước ngày báo cáo.