Có thể thấy, NNHC sản xuất với điều kiện tự nhiên đang rất khó và trong điều kiện đô thị hóa của TPHCM càng khó hơn. Với điều kiện ngoại cảnh không thuận lợi, các mối nguy cơ từ môi trường sản xuất còn dư lượng hóa học nên việc tổ chức sản xuất NNHC còn gặp nhiều hạn chế. Do đó, NNHC kết hợp kinh nghiệm canh tác truyền thống, sự tiến bộ của kỹ thuật - công nghệ và các kiến thức khoa học để tạo ra một môi trường sống cân bằng, hài hòa và bền vững cho tất cả các sinh vật.
Điển hình, HTX Nấm Việt được chứng nhận theo tiêu chuẩn hữu cơ Việt Nam với diện tích 4.000m² tại huyện Củ Chi (gồm nấm bào ngư, nấm linh chi và các loại rau). Ngoài đất phải cải tạo đạt tiêu chuẩn, HTX Nấm Việt phải áp dụng một số sản phẩm trồng trong nhà màng, nhà lưới để đảm bảo đạt tiêu chuẩn, tránh tác động của môi trường.
Mặt khác, chi phí chứng nhận hữu cơ của Việt Nam vẫn còn cao, nên nhiều nông dân sản xuất được tiêu chuẩn hữu cơ vẫn không có khả năng chứng nhận. Với diện tích khoảng 1.000ha đạt chứng nhận hữu cơ quốc tế, ông Nguyễn Lâm Viên, Chủ tịch HĐQT Công ty Vinamit, nhìn nhận về nguyên tắc sản phẩm hữu cơ phải hoàn toàn tự nhiên để nhận ánh nắng, sương gió thì có dược tính cao. Hiện nay, điều kiện môi trường vẫn chưa đảm bảo an toàn nên việc áp dụng công nghệ là biện pháp tối ưu để sản phẩm đạt chuẩn hữu cơ.
Nhờ đầu tư công nghệ cao, trang trại hữu cơ Nhất Thống (Everyday Organic) đạt chứng nhận sản xuất hữu cơ theo tiêu chuẩn EU, USDA, JAS tại huyện Nhà Bè. Để đất đạt 256 tiêu chí hóa học trong chứng nhận hữu cơ, Nhất Thống đã cải tạo vùng đất nhiễm phèn thành đất tự nhiên trong 3 năm và đã được Tổ chức Chứng nhận vật liệu hữu cơ quốc tế chứng nhận.
Hiện nay, trang trại Nhất Thống dự kiến mở rộng quy mô trên phần diện tích còn lại là 10ha đạt tiêu chuẩn hữu cơ, với mô hình vườn - ao - chuồng theo quy trình khép kín. Áp dụng kỹ thuật xử lý sinh học các chất thải từ trồng trọt và chăn nuôi sẽ giải quyết hợp lý việc thiết lập cân bằng sinh thái, đa dạng sinh học nhằm bảo vệ môi trường sản xuất nông nghiệp và bền vững. Sản phẩm rau được sơ chế với quy trình chặt chẽ bằng nước sạch, xử lý vi sinh vật tránh gây hại cho đường ruột, xử lý bằng máy ly tâm và đóng gói sản phẩm để đưa ra thị trường sản phẩm sạch an toàn.
Tuy đầu tư công nghệ cao, nhưng nhiều trang trại hữu cơ vẫn đang gặp khó khăn trong quy định pháp luật của các ngành khác (như xây dựng, môi trường…). Theo giới chuyên gia, xây dựng những công trình chuyên dụng trên đất nông nghiệp nhằm phục vụ sản xuất nông nghiệp là khá mới mẻ, chưa có tiền lệ cũng như chưa có quy định chính thức, dẫn đến khó khăn trong việc xác định thẩm quyền cấp phép để xây dựng trang trại hoàn chỉnh theo hướng hiện đại. Đặc biệt là nhà sơ chế, vì các khâu này ảnh hưởng trực tiếp đến chất lượng và sự an toàn của thực phẩm. Đứng dưới góc độ ngành nông nghiệp thì lại không sai. Do đó, các tỉnh, thành phố cần xác định, quy hoạch khu vực sản xuất nông nghiệp tập trung để cho nông dân thuận lợi.
