Theo Thanh tra TP, IPC chưa tuân thủ đúng các quy định pháp luật. Quá trình hoạt động có những vi phạm, khuyết điểm nghiêm trọng trong tổ chức, công tác quản lý, vốn tài sản chính, việc xác định giá bán nền đất, việc thực hiện công tác cổ phần hóa góp vốn liên doanh liên kết, việc thực hiện các dự án (DA) đầu tư chưa đúng quy định của pháp luật, DA chậm tiến độ, kéo dài thời gian gây thiệt hại tài sản Nhà nước của doanh nghiệp (DN), ảnh hưởng đến phát triển của công ty trong thời gian tới.
Công ty IPC hoạt động theo mô hình “công ty mẹ, công ty con”, tính đến cuối năm 2018 có 9 công ty con. Trong đó có Công ty TNHH MTV Phát triển khu Công nghiệp Sài Gòn (IPD), về sau cổ phần hóa thành Công ty cổ phần Tiếp vận Đông Sài Gòn (ESL).
Ngày 25-10-2012, Thủ tướng Chính phủ đã phê duyệt phương án sắp xếp, đổi mới DN 100% vốn Nhà nước của TPHCM, trong đó IPD thực hiện cổ phần hóa Nhà nước nắm giữ dưới 50% vốn điều lệ. Nhưng tháng 3-2014, Công ty IPD cổ phần hóa và chuyển thành ESL với vốn điều lệ 652 tỷ đồng, trong đó vốn Nhà nước 489 tỷ đồng (chiếm 75% vốn điều lệ).
Dù UBND TPHCM đã ban hành các quyết định thực hiện cổ phần hóa xác định tại IPD, Nhà nước nắm giữ dưới 50% vốn điều lệ nhưng trên cơ sở đề xuất của IPC và IPD, ông Tất Thành Cang (khi đó là Phó Chủ tịch UBND TPHCM) lại kết luận và chấp thuận tỷ lệ vốn Nhà nước nắm tại IPD là 65%. Đến ngày 30-12-2015, UBND TPHCM có quyết định chấp thuận phương án cổ phần hóa tại IPD, Nhà nước nắm giữ tới 75% vốn điều lệ.
Như vậy, theo Thanh tra TP, việc xây dựng lộ trình cổ phần hóa, xác định tỷ lệ vốn Nhà nước tạm thời và sau cổ phần hóa tại IPD được UBND TPHCM phê duyệt là trái với phương án phê duyệt của Thủ tướng Chính phủ và UBND TP. Về việc này, trách nhiệm thuộc về ông Tề Trí Dũng (Tổng Giám đốc IPC) và ông Tất Thành Cang (Phó Chủ tịch UBND TP).
Thanh tra TP cũng kiến nghị UBND TP giao Thanh tra TP phối hợp với Công an TP chuyển hồ sơ tài liệu sang cơ quan cảnh sát điều tra để điều tra, xử lý theo quy định đối với các vụ việc có dấu hiệu sai phạm gây bất lợi và thiệt hại cho vốn Nhà nước do IPC làm đại diện chủ sở hữu; có dấu hiệu tội Thiếu trách nhiệm gây thiệt hại đến tài sản Nhà nước, cơ quan tổ chức, DN.
Cũng tại Kết luận 14, sau khi IPD chuyển thành ESL thì ESL sẽ đầu tư xây dựng, khai thác cảng Cát Lái (quận 2) nhưng thực tế lại ký hợp đồng góp vốn thành lập Công ty cổ phần Cát Lái Đông Sài Gòn (trong đó ESL góp 20% vốn điều lệ) để khai thác toàn bộ khu vực Cát Lái. Như vậy, chỉ với 20% vốn điều lệ tại Công ty cổ phần Cát Lái Đông Sài Gòn, ESL mất quyền chi phối, quyết định việc kinh doanh, khai thác cảng này. DA Khu Công nghiệp Cát Lái được chấp thuận đầu tư từ năm 2002 nhưng đến nay mới chỉ hoàn tất công tác bồi thường, giải phóng mặt bằng là chậm so với dự kiến. Sau cổ phần hóa, ESL đã thực hiện không đúng phương án cổ phần hóa được duyệt, có dấu hiệu cố ý làm trái pháp luật về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước, phục vụ cho nhóm lợi ích…
Ngoài ra, Kết luận của Thanh tra TP còn chỉ ra các khuyết điểm về thoái vốn của ESL tại một số công ty dẫn đến các khoản nợ khó thu hồi; thực hiện nhiều DA bất động sản khác cũng để xảy ra sai phạm như DA tái định cư An Phú Tây (huyện Bình Chánh), khu dân cư Hiệp Phước 1, 2 và khu dân cư Long Thới (huyện Nhà Bè), khu dân cư Thạnh Mỹ Lợi (quận 2). Cụ thể, các DA này khi IPC và các công ty liên kết thực hiện không tổ chức bán đấu giá, lựa chọn nhà đầu tư, thẩm định giá vốn góp, giá trị chuyển nhượng chưa đầy đủ cơ sở, không phù hợp, áp dụng đơn giá chuyển nhượng không đúng giá thị trường… có khả năng gây thiệt hại nghiêm trọng đến tài sản Nhà nước.
Từ đó, Thanh tra TP kiến nghị Chủ tịch UBND TP giao Hội đồng Thành viên IPC tổ chức kiểm điểm, xử lý trách nhiệm cá nhân, tổ chức, người đại diện có liên quan trong việc cổ phần hóa tại ESL và một số công ty liên kết; chấn chỉnh công tác quản lý tài sản, tài chính, quản lý mặt bằng đảm bảo quyền lợi của Nhà nước tại IPC.