Dự thảo kết luận thanh tra có nội dung chính như sau:
Theo Quyết định số 113/TTg ngày 14-4-1980 của Thủ tướng Chính phủ, Quyết định số 386-QĐ/UB ngày 10-11-1981 của UBND tỉnh Hà Sơn Bình, Quyết định số 5383/QĐ-UBND ngày 20-10-2014 của UBND Thành phố, kết quả đo đạc, kiểm tra mốc giới sân bay Miếu Môn ngày 21-62017 thì từ năm 1981 đến nay, toàn bộ đất sân bay Miếu Môn được giới hạn bởi các mốc giới bê tông cốt thép được cắm trên thực địa còn nguyên, là đất quốc phòng, do các đơn vị quốc phòng quản lý và sử dụng, có diện tích 236,9ha, tăng 28,9ha so với diện tích ghi trong Quyết định số 113/TTg ngày 14-4-1980 của Thủ tướng Chính phủ.
Diện tích 28,9ha tăng này chính là diện tích 31,9 ha bị ảnh hưởng của thi công theo Quyết định số 386-QĐ/UB ngày 10-11-1981 của UBND tỉnh Hà Sơn Bình, thuộc địa giới hành chính huyện Chương Mỹ, không sản xuất nông nghiệp được và nằm trong quy hoạch giai đoạn 2 xây dựng sân bay Miếu Môn mà Nông trường quốc doanh Lương Mỹ đã bàn giao cho Bộ Tư lệnh công binh (sau khi trừ đường giao thông 2,5ha và sai số do đo đạc 0,5ha). Trong diện tích 236,9ha có 64,11ha đất thuộc địa giới hành chính xã Đồng Tâm (giảm 0,55 ha so với diện tích đất 03 đơn vị đã bàn giao cho Bộ Tư lệnh công binh trước đây do sai số đo đạc).
Trong quá trình quản lý, các đơn vị quốc phòng (Bộ Tư lệnh công binh từ năm 1981 đến năm 1989, Lữ đoàn 28 Quân chủng Phòng không Không quân từ năm 1989 đến nay) đã cắm mốc giới bê tông cốt thép tại thực địa, lập các sơ đồ các năm 1988, 1992 (đã được các xã Trần Phú, Mỹ Lương huyện Chương Mỹ và xã Đồng Tâm huyện Mỹ Đức xác nhận không có tranh chấp), bản đồ hiện trạng sân bay Miếu Môn năm 2013 xây dựng các công trình phục vụ quốc phòng.
Năm 2014, Lữ đoàn 28 đã xác định diện tích đất sân bay đang quản lý là 239,2ha, lập hồ sơ đề nghị UBND Thành phố cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất nhưng tại Thông báo số 961A/TB-LĐ ngày 23-10-2014 trả lời công dân tố cáo thực tế hiện nay đơn vị vẫn quản lý diện tích 208ha được thể hiện trên đường bao 16 mốc giới, là thiếu chính xác, không đúng với thực tế và hồ sơ quản lý đất đai do đơn vị quản lý.
Trong quá trình quản lý về dân cư và trật tự xây dựng, UBND xã Đồng Tâm đã buông lỏng quản lý để các hộ dân xây dựng không phép trên đất quốc phòng. Mặt khác, từ năm 2003 đến năm 2010, UBND xã Đồng Tâm đã xác nhận các hồ sơ thừa kế, cho, tặng, chuyển nhượng của các hộ dân đang sử dụng đất quốc phòng là trái thẩm quyền và vi phạm pháp luật về quản lý đất đai.
Năm 2016, thực hiện các quyết định của các cấp có thẩm quyền về thực hiện công tác giải phóng mặt bằng (GPMB) di dời các hộ dân đang sử dụng đất sân bay Miếu Môn thuộc địa giới hành chính xã Đồng Tâm; UBND Thành phố đã chỉ đạo, UBND huyện Mỹ Đức đã triển khai công tác GPMB là đúng thẩm quyền và quy định pháp luật. Tuy nhiên, tại dự thảo các phương án bồi thường hỗ trợ của 14 hộ dân, chưa làm rõ nguồn gốc đất, thời điểm sử dụng, thời điểm phát sinh công trình xây dựng, việc ăn ở thực tế của từng hộ là chưa chặt chẽ, do đó, UBND huyện Mỹ Đức và các ngành có liên quan đã thống nhất thu hồi Dự thảo phương án bồi thường hỗ trợ GPMB đã lập cho 14 hộ dân trước đây.
Tháng 2-2017, một số công dân tự ý tổ chức đo đạc, phân lô trên phần diện tích đất Tập đoàn Viễn thông Quân đội đang thực hiện dự án quốc phòng trong diện tích đất sân bay Miếu Môn, mặc dù, UBND xã Đồng Tâm đã có thông báo nêu rõ đây là đất quốc phòng, đề nghị các công dân không được vi phạm pháp luật, nhưng trong các ngày từ 25 đến ngày 28-2-2017, một số công dân vẫn cố tình đưa máy móc vào để chia đất, xây dựng công trình trái phép là hành vi chiếm đất quốc phòng, coi thường pháp luật, vi phạm nghiêm trọng Khoản 1, Điều 12 Luật Đất đai năm 2013.
Qua giải quyết đơn thư, UBND Thành phố đã chỉ đạo xử lý nghiêm các vi phạm của lãnh đạo các phòng chuyên môn của UBND huyện, lãnh đạo và cán bộ UBND xã Đồng Tâm.
Đến nay, đã kỷ luật về Đảng đối với 19 cá nhân có sai phạm (8 người bị xử lý kỷ luật khai trừ đảng, 6 người bị Cảnh cáo, 5 người bị Khiển trách); kỷ luật về Chính quyền 14 người (Cảnh cáo 12 người, Khiển trách 1 người và buộc thôi việc 1 người).
Công an huyện Mỹ Đức đã khởi tố 14 bị can, bắt tạm giam 2 đối tượng (nguyên là cán bộ xã Đồng Tâm) để phục vụ công tác điều tra.
Năm 2017, một số công dân tố cáo UBND huyện Mỹ Đức bán 6,8ha thu lợi bất chính 4080 tỷ đồng; sử dụng ngân sách huyện Mỹ Đức để bồi thường cho 14 hộ; bồi thường cho các hộ dân không đúng Luật Đất đai, cao hơn so với hạn mức 360m2/hộ đang áp dụng tại địa phương. Về các nội dung này, qua kiểm tra hồ sơ, tài liệu, đối chiếu với các quy định pháp luật, Thanh tra thành phố thấy: không có việc UBND huyện Mỹ Đức bán 6,8ha thu lợi bất chính, không có việc UBND huyện Mỹ Đức sử dụng ngân sách để bồi thường cho 14 hộ dân.
Nếu các phương án bồi thường, sau khi công khai lấy ý kiến nhân dân được phê duyệt chính thức thì nguồn kinh phí do Tập đoàn Viễn thông quân đội sẽ chi trả.
Đối với nội dung liên quan đến việc Bồi thường hỗ trợ cho 14 hộ dân: làm việc với Đoàn Thanh tra, các sở ngành của thành phố đã thống nhất thu hồi dự thảo phương án Bồi thường hỗ trợ do UBND huyện Mỹ Đức lập cho 14 hộ dân trước đây và xây dựng lại phương án bồi thường GPMB theo đúng thực tế và đúng quy định của pháp luật.
Đối với 3 nội dung kiến nghị của ông Lê Đình Kình và một số công dân xã Đồng Tâm, đã được Thanh tra thành phố làm rõ. Theo đó: không có diện tích 59ha đất nông nghiệp xứ đồng Sênh như công dân nêu, diện tích đất sân bay Miếu Môn thuộc địa giới hành chính xã Đồng Tâm chỉ có 64,11ha, là đất quốc phòng; đề nghị trả tiền bồi thường về đất khi GPMB khu đất 14 hộ dân đang sử dụng đất quốc phòng cho nhân dân xã, là không có cơ sở; diện tích 28,7ha chênh lệch giữa Quyết định số 5383/QĐ-UBND ngày 20-10-2014 của UBND thành phố với Quyết định số 113/TTg ngày 14-4-1980 của Thủ tướng Chính phủ (theo kết quả đo đạc ngày 21-6-2017 là 28,9ha) chính là diện tích 31,9ha bị ảnh hưởng của thi công thuộc địa giới hành chính huyện Chương Mỹ nằm trong quy hoạch giai đoạn 2 sân bay Miếu Môn do Nông trường quốc doanh Lương Mỹ đã bàn giao cho Bộ Tư lệnh công binh sau khi trừ đường giao thông 2,5ha và sai số do đo đạc 0,5ha.
Căn cứ vào kết quả thanh tra, Đoàn thanh tra kiến nghị UBND thành phố có văn bản đề nghị Bộ Quốc phòng nghiêm túc kiểm điểm, làm rõ trách nhiệm đối với đơn vị, cá nhân trực tiếp quản lý sân bay Miếu Môn để xảy ra những sai sót nêu tại kết luận; chỉ đạo các Sở, ban, ngành có liên quan, UBND huyện Mỹ Đức và UBND xã Đồng Tâm kiểm điểm, rút kinh nghiệm về những thiếu sót nêu tại kết luận, rà soát kỹ để xây dựng lại phương án bồi thường hỗ trợ cho các hộ dân, trường hợp phát hiện có vi phạm về đất đai thì xử lý nghiêm theo quy định pháp luật.
Thanh tra thành phố cũng đề nghị giao UBND huyện Mỹ Đức phối hợp với các đơn vị quốc phòng có biện pháp cương quyết buộc những công dân đang chiếm giữ trái phép đất quốc phòng di chuyển tài sản, hoa màu, trả lại mặt bằng cho Tập đoàn Viễn thông Quân đội để thực hiện xây dựng các công trình quốc phòng; đồng thời chỉ đạo Công an Thành phố phối hợp với Cơ quan điều tra hình sự Bộ Quốc phòng để điều tra làm rõ, xử lý nghiêm các vi phạm pháp luật của cán bộ, công chức và cá nhân có liên quan đối với quản lý, sử dụng đất quốc phòng xây dựng sân bay Miếu Môn thuộc địa giới hành chính xã Đồng Tâm, huyện Mỹ Đức.
Trước đó, Đồng Tâm trở thành "điểm nóng" khi ngày 15-4, Công an Hà Nội thực hiện lệnh bắt 4 người dân địa phương về hành vi chống người thi hành công vụ. Phản ứng lại việc này, người dân Đồng Tâm đã bao vây lực lượng làm nhiệm vụ, bắt giữ 38 cán bộ, chiến sĩ đưa về nhà văn hóa thôn Hoành.
Đến ngày 18-4, 15 chiến sĩ CSCĐ đã được bàn giao cho chính quyền, 3 người tự giải cứu.
Ngày 21-4, người dân Đồng Tâm trả tự do ông Đặng Văn Cảnh, Trưởng ban Tuyên giáo huyện Mỹ Đức.
Ngày 22-4, Chủ tịch UBND Hà Nội Nguyễn Đức Chung đã về xã Đồng Tâm đối thoại, cam kết không truy cứu trách nhiệm hình sự người dân xã Đồng Tâm về vụ việc hôm 15-4. Sau đó, 19 cán bộ, chiến sĩ bị giữ tại nhà văn hóa thôn Hòanh đã được thả.
Ngày 13-6, Công an TP Hà Nội đã ra quyết định khởi tố vụ án bắt giữ người trái pháp luật, hủy hoại hoặc cố ý làm hư hỏng tài sản để điều tra vụ việc xảy ra tại xã Đồng Tâm.