Trong giai đoạn đầu, đường bay Hà Nội - Côn Đảo sẽ khai thác với tần suất 2 chuyến/ngày, đường bay từ Vinh và Hải Phòng đi Côn Đảo sẽ khai thác với tần suất 1 chuyến/ngày.
Để khai thác các đường bay này, hãng sử dụng dòng máy bay nhỏ Embraer E195 lần đầu tiên được khai thác tại Việt Nam, có thể chở 124 hành khách, tốc độ tối đa 871 km/h, tầm bay tối đa 4.260 km. Thời gian bay dự kiến từ Hà Nội đến Côn Đảo xấp xỉ 2 tiếng 10 phút.
Hãng bắt đầu bán vé các đường bay này từ ngày 10-9. Giá vé chưa được công bố cụ thể nhưng hãng cho biết giá sẽ linh hoạt theo từng thời điểm.
Trước khi Bamboo Airways khai thác, điểm đến Côn Đảo chỉ có 2 đường bay TPHCM - Côn Đảo, Cần Thơ - Côn Đảo do Công ty bay dịch vụ hàng không VASCO (thuộc Vietnam Airlines) khai thác bằng máy bay ATR 72. Do nhu cầu cao, vào dịp cao điểm, có khoảng 21 chuyến bay/ngày đến Côn Đảo.
Tổng Công ty Cảng hàng không Việt Nam (ACV) cho biết, sân bay Côn Đảo có đường băng ngắn nên chỉ khai thác được máy bay nhỏ. Bên cạnh đó, sân bay này đang thiếu đèn chiếu dẫn ban đêm nên việc khai thác bay đêm là không thực hiện được. Bamboo Airway đang đề nghị được tài trợ hệ thống đèn chiếu để tối ưu khai thác cảng.