Qua điều tra, cơ quan công an làm rõ, giai đoạn năm 2017 - 2021, Công ty cổ phần Quản lý đường sông 3 đã tham gia ký các hợp đồng quản lý, bảo trì tuyến đường thủy nội địa trên địa bàn tỉnh Quảng Ninh; ký hợp đồng điều tiết đảm bảo giao thông cầu sông Chanh với Cục đường thủy nội địa Việt Nam và hợp đồng điều tiết đảm bảo giao thông với một số đơn vị khác.
Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện các hợp đồng nêu trên, một số cá nhân là lãnh đạo và cán bộ, nhân viên Công ty cổ phần Quản lý đường sông 3 đã có hành vi hợp thức hóa hồ sơ, lập khống chứng từ nhằm nghiệm thu, quyết toán vượt quá khối lượng công việc thực tế để chiếm đoạt tiền của Nhà nước. Đồng thời, thông đồng với một số cán bộ BQL vịnh Hạ Long để tạo điều kiện được ký hợp đồng quản lý, bảo trì, đảm bảo điều tiết giao thông tại vịnh Hạ Long trái quy định.
Căn cứ kết quả điều tra, đến nay, Cơ quan điều tra đã khởi tố 6 bị can thuộc Công ty cổ phần Quản lý đường sông 3 về hành vi “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản”.
Trong đó, đã bắt giam 3 bị can, gồm: Phạm Văn Phả (chủ tịch Hội đồng quản trị), Đỗ Công Hào, (Giám đốc) và Phạm Văn Chinh (Phó Giám đốc).
Đồng thời, cấm đi khỏi nơi cư trú đối với 3 bị can, gồm: Nguyễn Hải Anh (nguyên Phó Giám đốc phụ trách kỹ thuật), Ngô Thị Thu Lư (nguyên Trưởng Phòng Kế hoạch) và Lê Kim Hoa (nhân viên công ty).
Quá trình điều tra mở rộng vụ án, ngày 10 và 14-5, Cơ quan An ninh điều tra Công an tỉnh Quảng Ninh đã khởi tố, bắt tạm giam đối với các bị can nguyên là lãnh đạo và nhân viên BQL vịnh Hạ Long, gồm: Bùi Sĩ Giáp (nguyên Trưởng Phòng kỹ thuật và tu bổ, tôn tạo cảnh quan), Phạm Thái Dương (nhân viên BQL) về hành vi nhận hối lộ.
Ông Phạm Hồng Hà bị khởi tố, bắt tạm giam về hành vi lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ.
Hiện nay, Công an tỉnh Quảng Ninh đang tiếp tục chỉ đạo Cơ quan An ninh điều tra củng cố tài liệu, chứng cứ, điều tra mở rộng vụ án để xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật.