Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát Nhân dân tối cao, Đinh Ngọc Hệ (tự Út “Trọc”, nguyên Chủ tịch HĐQT, nguyên Tổng Giám đốc Công ty Thái Sơn, Bộ Quốc phòng) chỉ đạo nhân viên làm giả báo cáo tài chính để đủ điều kiện tham gia đấu giá.
Sau khi trúng đấu giá, Đinh Ngọc Hệ kéo dài thời gian thanh toán tiền mua quyền thu phí, đồng thời chỉ đạo cấp dưới dùng hợp đồng mua quyền thu phí cao tốc TPHCM - Trung Lương thế chấp tại ngân hàng để vay 1.703 tỷ đồng. Quá trình thu phí, Đinh Ngọc Hệ tiếp tục có hành vi gian dối, chỉ đạo mua và sử dụng phần mềm của Công ty Xuân Phi, che giấu doanh thu, báo cáo không đúng doanh thu thực, từ đó chiếm đoạt 725 tỷ đồng.
Liên quan tới hành vi phạm tội của Đinh Ngọc Hệ trong vụ án này, ông Đinh La Thăng (nguyên Bộ trưởng Bộ Giao thông Vận tải), ông Nguyễn Hồng Trường (nguyên Thứ trưởng Bộ Giao thông Vận tải) bị truy tố về hành vi vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí.