Theo đó, các vụ việc được cơ quan thanh tra chuyển sang Bộ Công an để làm rõ thêm gồm: Hành vi vi phạm pháp luật trong việc kê khai, nộp thuế bảo vệ môi trường đối với xăng dầu, việc sử dụng Quỹ Bình ổn giá xăng dầu (BOG) tại Công ty cổ phần Tập đoàn Thiên Minh Đức; hành vi vi phạm pháp luật trong việc kê khai, nộp thuế bảo vệ môi trường đối với xăng dầu tại Công ty TNHH Thương mại vận tải và Du lịch Xuyên Việt Oil; hành vi vi phạm pháp luật trong việc kê khai, nộp thuế bảo vệ môi trường đối với xăng dầu và việc sử dụng Quỹ BOG sai mục đích bình ổn giá tại Công ty TNHH Vận tải thủy Hải Hà.
Thanh tra Chính phủ cũng đã chuyển thông tin, tài liệu sang Cơ quan điều tra Bộ Công an xem xét, xử lý theo quy định pháp luật đối với một số nội dung được phát hiện trong quá trình thu thập thông tin, tài liệu như hành vi vi phạm pháp luật trong góp vốn thành lập Công ty cổ phần Hóa dầu Phước Khánh, phát hiện thông qua việc thu thập thông tin, tài liệu tại Công ty TNHH MTV Thương mại dầu khí Đồng Tháp.
Theo đó, UBND tỉnh Đồng Tháp đồng ý chủ trương cho Công ty TNHH MTV Thương mại Dầu khí Đồng Tháp đầu tư xây dựng kho ngoại quan khi chưa trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt bổ sung quy hoạch kho ngoại quan; việc xác định giá trị tài sản (bồn chứa xăng dầu T10, T11, T12) để góp vốn thành lập Công ty cổ phần Hóa dầu Phước Khánh chưa theo tiêu chuẩn thẩm định giá, có nguy cơ thất thoát tài sản nhà nước; việc góp vốn bằng tiền mặt sai quy định.
Cơ quan thanh tra còn phát hiện, Công ty TNHH MTV Thương mại Dầu khí Đồng Tháp được hoàn lại vốn bằng tiền mặt với số tiền 18,9 tỷ đồng (khoản tiền chênh lệch giữa giá trị tài sản góp vốn và giá trị cổ phần), có khả năng tài sản Nhà nước được bán ra chưa được thẩm định lại. Cùng với đó, Công ty cổ phần Thương mại Dầu khí Đồng Tháp mua xăng dầu của Công ty cổ phần Đầu tư Nam Phúc, hạch toán nhập kho, xuất kho không rõ ràng, thiếu hồ sơ hạch toán nhập, xuất, tồn kho.
Về xử lý trách nhiệm, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo Bộ Công thương, Tập đoàn Dầu khí Việt Nam (PVN) tổ chức kiểm điểm, xử lý trách nhiệm theo quy định của Đảng và pháp luật của Nhà nước đối với các tổ chức, cá nhân có liên quan những khuyết điểm, vi phạm.
Trong đó, Bộ Công thương cần làm rõ trách nhiệm của tổ chức, cá nhân trong việc quản lý, kiểm tra, giám sát việc dự trữ xăng dầu lưu thông bắt buộc đối với các thương nhân đầu mối… khi để xảy ra thiếu xăng dầu trong thời gian qua; trách nhiệm phối hợp với Bộ Tài chính trong quản lý Quỹ BOG, kiểm tra, giám sát thương nhân đầu mối kinh doanh xăng dầu thực hiện các quy định pháp luật đối với Quỹ BOG khi để các thương nhân đầu mối chiếm dụng và sử dụng sai mục đích quỹ này.
Đối với Bộ Tài chính, Thanh tra Chính phủ yêu cầu tổ chức kiểm điểm, xử lý trách nhiệm theo quy định các tổ chức, cá nhân có liên quan khuyết điểm, vi phạm. Xem xét, xử lý trách nhiệm các tổ chức, cá nhân trong quản lý, chủ trì phối hợp với Bộ Công thương quản lý Quỹ BOG, kiểm tra, giám sát thương nhân đầu mối kinh doanh xăng dầu thực hiện các quy định pháp luật đối với Quỹ BOG khi các thương nhân đầu mối chiếm dụng và sử dụng sai mục đích Quỹ BOG với số tiền lớn trong nhiều kỳ…