Theo kết luận thanh tra, Trường ĐH Đồng Nai dự toán lượng sinh viên bình quân cao hơn thực tế tuyển sinh, dẫn đến việc được cấp dư ngân sách với số tiền hơn 29,8 tỷ đồng (năm 2018 hơn 18 tỷ, năm 2019 hơn 11 tỷ) là chưa đúng quy định.
Trường ĐH Đồng Nai kê khai thiếu, để ngoài sổ sách kế toán doanh thu tính thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2018 hơn 37 tỷ đồng, dẫn đến việc giảm số tiền thuế phải nộp hơn 697 triệu đồng, có dấu hiệu vi phạm quy định tại điều 200 Bộ luật Hình sự 2015 sửa đổi bổ sung 2017.
Ngoài ra, trong vấn đề quản lý phôi bằng, trường không có quy trình phiếu xuất kho, quản lý phôi bằng trên số tay giao nhận, không ban hành quy định quy trình cấp pháp phôi bằng, chứng chỉ là chưa đảm bảo theo thông tư 19 ngày 8-9-2019 của Bộ GD- ĐT.
Còn tại Trường Phổ thông thực hành (trực thuộc Trường ĐH Đồng Nai) cũng có nhiều sai phạm như: kế toán đơn vị này giữ tiền mặt và không chỉ đạo nộp kịp thời cho kho bạc hoặc ngân hàng ngày là vi phạm; trường thu các khoản thu bằng phiếu thu không đúng mẫu là không đúng quy định của Bộ Tài chính; trường thiếu thuế doanh nghiệp số tiền hơn 357 triệu đồng là chưa đúng thông tư 78/2014 của Bộ Tài chính…
UBND tỉnh Đồng Nai chỉ đạo Trường ĐH Đồng Nai khẩn trương thu hồi tiền đã chi sai: hơn 669 triệu đồng chi tiền công ban chỉ đạo, tiền công bồi dưỡng cho các cán bộ, nhân viên trường không có trong quy chế chi tiêu nội bộ; thu và chi lại số tiền hơn 6,8 tỷ đồng thanh toán tiền công tác các lớp chức danh nghề nghiệp và số tiền hơn 194 triệu đồng thanh toán tiền công chấm các bài thu hoạch các lớp chức danh nghề nghiệp; thu hồi số tiền hơn 257 triệu đồng các bên không đưa vào hợp đồng chi sai quy định…
UBND tỉnh Đồng Nai cũng giao Sở Nội vụ chủ trì, phối hợp với Thanh tra tỉnh để rà soát xác định rõ đối tượng, nội dung để tiến hành kiểm điểm, xử lý trách nhiệm của các tổ chức, cá nhân vi phạm.
Đặc biệt, đối với vụ việc kê khai thiếu, để ngoài sổ sách kế toán doanh thu tính thuế thu nhập năm 2018 số tiền hơn 37 tỷ đồng, dẫn đến việc giảm số tiền thuế phải nộp ngân sách Nhà nước hơn 696 triệu đồng, UBND tỉnh quyết định chuyển hồ sơ sang Cơ quan Cảnh sát điều tra - Công an tỉnh để tiếp tục điều tra theo quy định.