Về vấn đề biên chế, các địa phương sẽ chuyển toàn bộ 100% biên chế cấp huyện để bố trí biên chế cấp xã. Trong đó, đội ngũ cán bộ lãnh đạo, quản lý của hệ thống chính trị cấp huyện hiện nay được bố trí làm nòng cốt tại các đơn vị cấp xã mới; có thể tăng cường cán bộ, công chức, viên chức cấp tỉnh về cấp xã.
Cũng theo công văn, trước mắt, các địa phương sẽ giữ nguyên số lượng biên chế cán bộ, công chức cấp huyện, cấp xã để bố trí làm việc tại cấp xã và thực hiện việc rà soát, tinh giản biên chế gắn với cơ cấu lại, nâng cao chất lượng đội ngũ đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ, bảo đảm trong thời hạn 5 năm cơ bản theo đúng quy định.
Theo dự kiến, biên chế bình quân của mỗi cấp xã khoảng 32 biên chế (không bao gồm khối đảng, đoàn thể). Trong đó, HĐND cấp xã 3 biên chế, UBND 3 biên chế, còn lại là các phòng và tương đương.

Về định hướng sắp xếp cán bộ, công chức, viên chức ở cấp xã mới, theo hướng dẫn của bộ, sẽ căn cứ vào điều kiện thực tiễn và tiêu chuẩn, năng lực cán bộ, công chức, viên chức của cấp huyện và cán bộ, công chức cấp xã hiện nay, ban thường vụ, UBND tỉnh xem xét, quyết định.
Cán bộ, công chức, viên chức cấp huyện và cấp xã khi được bố trí vào các chức vụ, chức danh lãnh đạo, quản lý đơn vị hành chính cấp xã mới tiếp tục giữ phụ cấp chức vụ lãnh đạo hiện hưởng trong thời gian 6 tháng từ ngày có quyết định, sau đó thực hiện theo quy định mới của Chính phủ.
Đối với đơn vị hành chính cấp xã giữ nguyên (không sắp xếp), địa phương căn cứ vào điều kiện thực tế để xem xét quyết định số lượng cơ quan chuyên môn thuộc UBND cho phù hợp hoặc không tổ chức các phòng chuyên môn (trừ các ban của HĐND hiện có).
Thay vào đó sẽ phân công công chức chuyên môn trực tiếp đảm nhiệm các vị trí việc làm thực hiện chức năng, nhiệm vụ của chính quyền địa phương cấp xã mới. Với đơn vị hành chính cấp xã không sắp xếp, dự kiến số lượng biên chế mỗi xã không quá 40 cán bộ, công chức. Tiêu chuẩn chức danh lãnh đạo, quản lý cấp xã áp dụng như đối với cấp huyện hiện nay.
Với công chức, viên chức chuyên môn, nghiệp vụ cấp xã áp dụng tiêu chuẩn trình độ đào tạo theo yêu cầu của vị trí việc làm đối với công chức, viên chức từ cấp huyện trở lên theo quy định của Chính phủ.
Sau khi hoàn thành sắp xếp đơn vị hành chính các cấp, Chính phủ sẽ giao Bộ Nội vụ nghiên cứu và hướng dẫn theo chỉ đạo của cấp có thẩm quyền về việc sắp xếp, tổ chức lại thôn, tổ dân phố theo hướng tinh gọn, phục vụ trực tiếp đời sống nhân dân.