Nhằm tăng cường phối hợp các đơn vị liên quan trong công tác bảo vệ môi trường, đặc biệt là các địa phương trong vùng kinh tế trọng điểm phía Nam, thời gian qua, Sở Tài nguyên và Môi trường TPHCM đã phối hợp UBND các quận huyện và sở ban ngành như Sở Công thương, Sở Y tế, Bộ Tư lệnh Quân khu 7 kiểm tra, cấp phép, xử lý vi phạm trong lĩnh vực môi trường để tránh chồng chéo trong quá trình giám sát, kiểm soát nguồn ô nhiễm.
Đồng thời, tăng cường chia sẻ và công khai dữ liệu môi trường nước lưu vực sông, giám sát chất lượng nước mặt kênh rạch liên tỉnh. Liên kết với tỉnh Long An xây dựng khu liên hợp xử lý chất thải rắn tại huyện Thủ Thừa (Long An) trong giai đoạn 2020 - 2025.
Ngoài ra, TPHCM cũng phối hợp với các tỉnh Bình Dương, Đồng Nai, Long An, Tây Ninh xây dựng phương án triển khai công tác vớt, xử lý lục bình, chống khai thác cát trái phép trên các tuyến sông, kênh, rạch giáp ranh giữa TPHCM với các tỉnh.