Theo Bộ trưởng Phùng Xuân Nhạ, những vấn đề của kỳ thi cần đặc biệt lưu ý là chương trình thi; ngân hàng câu hỏi; bài thi tham khảo, bài thi chính thức; công tác tập huấn cán bộ coi thi, chấm thi và thanh tra; phần mềm; vấn đề tài chính; hoạt động thanh tra, kiểm tra thi; quy chế thi, ban chỉ đạo thi; vấn đề truyền thông cho kỳ thi…
Tinh thần chung là chuẩn bị chu đáo, không chủ quan để tổ chức tốt nhất kỳ thi; chuẩn bị sẵn sàng các kịch bản cho những tình huống có thể xảy ra, đặc biệt là tình huống dịch Covid-19 diễn biến phức tạp; đề thi tham khảo cũng sẽ sớm được Bộ GD-ĐT ban hành (dự kiến trong tháng 3 này).
Theo dự thảo thông tư sửa đổi, bổ sung một số điều của quy chế thi tốt nghiệp THPT được Bộ GD-ĐT công bố trước đó, kỳ thi tốt nghiệp THPT năm 2021 về cơ bản vẫn giữ ổn định như năm 2020 theo hướng tổ chức nhẹ nhàng, giao cho địa phương chịu trách nhiệm hoàn toàn. Kết quả kỳ thi được sử dụng để xét công nhận tốt nghiệp THPT cho thí sinh và cung cấp thông tin để đánh giá chất lượng giáo dục, điều chỉnh quá trình dạy học nhằm nâng cao chất lượng dạy học trong các trường phổ thông.
Kỳ thi tốt nghiệp THPT năm 2021 dự kiến diễn ra trong 2 ngày với 5 bài thi, gồm: 3 bài thi độc lập (Toán, Ngữ văn, Ngoại ngữ); 1 bài thi tổ hợp Khoa học Tự nhiên (gồm các môn Vật lý, Hóa học, Sinh học) hoặc 1 bài thi tổ hợp Khoa học xã hội (gồm các môn Lịch sử, Địa lý, Giáo dục công dân). Nội dung thi nằm trong chương trình THPT hiện hành, chủ yếu là chương trình lớp 12. Về hình thức thi, chỉ có bài thi môn Ngữ văn thi theo hình thức tự luận, còn lại đều thi theo hình thức trắc nghiệm khách quan.