Ghi nhận của phóng viên báo SGGP, thời điểm tổ công tác có mặt thì cửa của 2 bến cóc này khoá kín. Chừng vài chục phút lại có xe ô tô không có khách, chỉ có tài xế cùng phụ xe chạy từ 2 bến cóc này ra ngoài.
Tuy nhiên theo các nguồn tin, 2 bến cóc này vẫn hoạt động khi không có lực lượng kiểm tra. Còn theo thông tin từ lực lượng kiểm tra, thời gian qua, chỉ phạt được khoảng 20 trường hợp đón trả khách sai qui định của 2 bến xe này.
Về hoạt động trá hình, lấn chiếm sông rạch tại 2 bến xe 391 và 397 Đinh Bộ Lĩnh, nhiều lần, UBND TPHCM và các ban, ngành liên quan đã có nhiều văn bản chỉ đạo giải quyết sai phạm của 2 bến xe này.
Cụ thể là hành vi đổ đất đá, lấn chiếm hàng trăm mét vuông sông khu vực Bình Triệu đã được phát hiện từ năm 2008, tổ chức đón trả khách trá hình. Tuy nhiên, những sai phạm vẫn tồn tại kéo dài đến nay.
Ban Tuyên giáo Thành ủy TPHCM đã có văn bản đề xuất Thường trực Thành ủy TPHCM chỉ đạo Ban cán sự Đảng UBND TP chỉ đạo UBND TP giao Sở GTVT chủ trì, phối hợp Công an TP và UBND quận Bình Thạnh khẩn trương kiểm tra, xử lý dứt điểm hoạt động của 2 bến xe, báo cáo đề xuất UBND TP phương án xử lý nghiêm các trường hợp bao che (nếu có).
Chỉ riêng Bến xe 397 Đinh Bộ Lĩnh đã có hành vi san lấp rạch thoát nước công cộng; đổ đất đá xuống sông Bình Triệu làm cản trở dòng chảy; san lấp kênh mương thoát nước trái quy định… đã bị UBND quận Bình Thạnh ban hành 4 quyết định xử phạt vi phạm hành chính từ năm 2008 đến tháng 1-2014.
Tháng 8-2019, Phòng TN-MT quận Bình Thạnh tiến hành kiểm tra phát hiện chủ sử dụng khu đất 397 Đinh Bộ Lĩnh đã lấn chiếm sông Bình Triệu hàng trăm mét vuông. Do đó, ngày 16-3-2020, Chủ tịch UBND quận Bình Thạnh ban hành Quyết định 2008/QĐ-CCXP cưỡng chế thực hiện khắc phục hậu quả, nhưng đến nay vẫn chưa cưỡng chế được.