Dự án đường sắt TPHCM - Cần Thơ đã được Bộ GTVT phê duyệt năm 2013 với chiều dài 173,677km. Điểm đầu từ ga lập tàu An Bình thuộc phường An Bình, thị xã Dĩ An, Bình Dương. Điểm cuối là ga Cái Răng, phường Phú Thứ, quận Cái Răng, TP Cần Thơ. Năm 2013, Bộ GTVT đã đồng ý cho Viện KH-CN Phương Nam nghiên cứu dự án đầu tư xây dựng tuyến đường sắt từ TPHCM - Cần Thơ theo hình thức BOT. Bộ yêu cầu dự án cần nêu rõ nguồn vốn, cơ cấu, phương thức huy động, phương án hoàn vốn; xây dựng phương án tài chính cụ thể và khả thi cho dự án.
Tại buổi làm việc, đại diện đơn vị tư vấn thiết kế GTVT Phương Nam (Tedi South) đề xuất chia dự án thành 2 giai đoạn. Giai đoạn 1 làm từ ga Tân Kiên (Bình Chánh, TPHCM) đến ga Cái Răng (Cần Thơ) chiều dài khoảng 139km với 9 nhà ga. Giai đoạn 2, từ ga An Bình (Bình Dương) đến ga Tân Kiên (TPHCM) và nhánh đường sắt vào cảng Hiệp Phước dài khoảng 33,6km. Tổng mức đầu tư dự án khoảng 5 tỷ USD, theo hình thức BOT kết hợp PPP. Trong giai đoạn 1, tư vấn đề nghị điều chỉnh hướng tuyến so với quy hoạch được duyệt trên địa bàn TPHCM - Long An - Tiền Giang đi cặp chung với hành lang cao tốc TPHCM - Trung Lương - Mỹ Thuận, thay vì đi vào các khu dân cư, đô thị như trước đây. Riêng đoạn qua Vĩnh Long - Cần Thơ vẫn giữ nguyên. Đổi lại, phương án mới thu hồi một diện tích đất rất lớn để giao cho nhà đầu tư theo hình thức đối tác công tư (PPP). Đại diện các địa phương như TPHCM, Bình Dương, Long An, Cần Thơ, Vĩnh Long, Tiền Giang đều thống nhất chủ trương điều chỉnh hướng tuyến.
Sau khi nghe đơn vị tư vấn thiết kế trình bày và ý kiến của các đơn vị liên quan, Bộ trưởng Nguyễn Văn Thể đánh giá chưa đủ thông tin làm cơ sở để Bộ GTVT kết luận điều chỉnh quy hoạch tuyến đường sắt này. Các thông tin đơn vị tư vấn đưa ra chưa đáp ứng đủ các điều kiện để điều chỉnh quy hoạch. Bộ trưởng Nguyễn Văn Thể chỉ đạo sở GTVT các tỉnh, thành phố cùng đơn vị tư vấn trong thời gian tới phải nghiên cứu kỹ, hoàn chỉnh phương án điều chỉnh trình Bộ GTVT quyết định, từ đó báo cáo Chính phủ xem xét để sớm thực hiện các thủ tục triển khai dự án.
