Ngày 23-8-2016, Sở Công thương Quảng Nam chủ trì và thống nhất công tác nghiệm thu của chủ đầu tư đối với các hạng mục công trình phục vụ tích nước và được UBND tỉnh đồng ý cho thủy điện Sông Bung 2 tích nước. Tuy nhiên trong quá trình tích nước, ngày 13-9-2016, thủy điện Sông Bung 2 đã xảy ra sự cố bục cửa van số 2. Sự cố khiến 1 công nhân bị chết và 1 mất tích.
Ban quản lý dự án thủy điện Sông Bung 2 khẳng định: Kết quả đánh giá các hạng mục công trình sau sự cố qua kiểm tra bằng trực quan và kết quả quan trắc đập đều nằm trong giới hạn cho phép, ở trạng thái bình thường, đảm bảo an toàn, đủ điều kiện tích nước hồ chứa trở lại. Tuy nhiên, sau khi nghe chủ đầu tư và các sở, ngành, địa phương đóng góp ý kiến, ông Nguyễn Khánh Toàn, Phó Chủ tịch UBND tỉnh Quảng Nam, yêu cầu chủ đầu tư và Ban quản lý Dự án Thủy điện Sông Bung 2 bổ sung hồ sơ, áp dụng Nghị định 114 về Quản lý an toàn đập, hồ chứa nước mới được Chính phủ ban hành ngày 4-9-2018. Chủ đầu tư phải làm lại báo cáo khác, nội dung phải khẳng định chất lượng công trình an toàn mới được tích nước.
