Cụ thể, về “Kế hoạch kiểm tra chống thất thu thuế đối với doanh nghiệp ngoài quốc doanh, hộ kinh doanh trong lĩnh vực thương mại, ăn uống, dịch vụ”, Ban chỉ đạo chống thất thu đã rà soát 33.600 đối tượng phải kiểm tra (gần 19.300 doanh nghiệp và 14.300 hộ kinh doanh). Sau kiểm tra, số thuế tăng thêm gần 4.900 tỷ đồng. Trong đó, qua kiểm tra các doanh nghiệp đã truy thu và phạt khoảng 1.950 tỷ đồng; giảm lỗ, giảm khấu trừ thuế giá trị gia tăng khoảng 2.900 tỷ đồng. Đối với kiểm tra hộ kinh doanh, đã điều chỉnh tăng doanh thu khoán, trong đó 1/2 số hộ có kết quả điều chỉnh tăng doanh thu khoán từ 50% trở lên phải điều chỉnh thuế khoán ngay trong năm 2016 với số thuế điều chỉnh tăng trong năm 2016 là 32 tỷ đồng; còn lại các hộ có kết quả điều chỉnh tăng doanh thu khoán dưới 50% sẽ được điều chỉnh doanh thu và mức thuế khoán kể từ năm 2017.
Qua thanh tra, kiểm tra, ngành thuế cũng phát hiện và hoàn thiện những chính sách pháp luật về thuế. Cụ thể, kiến nghị Bộ Tài chính ban hành Thông tư số 92/2015/TT-BTC sửa đổi một số chính sách thuế đối với hộ kinh doanh nộp thuế theo phương thức khoán, đó là hộ khoán sử dụng hóa đơn thì nộp thuế khoán riêng, thuế theo hóa đơn riêng, không gộp chung như trước; ban hành Thông tư số 208/2015/TT-BTC quy định về hoạt động của Hội đồng tư vấn thuế xã, phường, thị trấn nhằm nâng cao trách nhiệm trong công tác tham vấn, đồng thời mở rộng số lượng hộ kinh doanh tham gia để tăng thêm tính dân chủ. Cùng với đó, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 218/2015/TT-BTC hướng dẫn chính sách và quản lý thuế đối với thương nhân thực hiện hoạt động mua bán, trao đổi hàng hóa tại chợ biên giới, chợ cửa khẩu, chợ trong khu kinh tế cửa khẩu theo hướng hộ kinh doanh khai thuế theo tháng và phải lưu giữ hồ sơ chứng minh đầu vào hàng hóa nhập khẩu để xuất trình khi có yêu cầu của cơ quan thuế. Ngoài ra, ngành thuế đã xây dựng cơ sở dữ liệu về người nộp thuế để làm cơ sở thực hiện chỉ đạo toàn ngành trong công tác quản lý hộ kinh doanh; xây dựng ứng dụng hỗ trợ quản lý rủi ro đối với hộ kinh doanh để đáp ứng việc kiểm tra, kiểm soát; tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra, ngăn chặn và đẩy lùi tình trạng lợi dụng bán, cấp hóa đơn lẻ để hợp thức hóa chứng từ mua vào, bán ra gây thất thu ngân sách Nhà nước. Để chống thất thu thuế, ngành thuế đang triển khai áp dụng hóa đơn điện tử có mã xác thực của cơ quan thuế; từ đó xây dựng cơ sở dữ liệu về hóa đơn trên toàn quốc tập trung tại Tổng cục Thuế để phục vụ công tác kiểm tra, thanh tra chống thất thu ngân sách, chống gian lận trong hoàn thuế giá trị gia tăng.