Theo kết luận điều tra, từ năm 2006-2008, UBND tỉnh Bắc Ninh đã ký các quyết định phê duyệt đầu tư cho 6 dự án đầu tư xây dựng bệnh viện đa khoa các huyện: Gia Bình, Thuận Thành, Lương Tài, Quế Võ, Tiên Du, Yên Phong. Đến năm 2013, các bệnh viện trên đã cơ bản thực hiện xong việc đầu tư các hạng mục xây dựng, tiếp tục triển khai hoàn thành việc mua sắm, lắp đặt thiết bị y tế theo dự toán đã được duyệt nhưng thiếu nguồn vốn.
Sau khi được Chính phủ phê duyệt bổ sung 850 tỷ đồng cho lĩnh vực y tế, UBND tỉnh Bắc Ninh đã phân bổ vốn theo danh mục 6 bệnh viện trên. Sau đó, Sở Y tế tỉnh Bắc Ninh đã giao ban quản lý dự án làm chủ đầu tư để tổ chức thực hiện 6 gói thầu mua sắm trang thiết bị y tế cho các bệnh viện.
Trong các gói thầu trên, có 2 đơn vị tham gia dự thầu là Công ty AIC của bà Nhàn và doanh nghiệp Sông Hồng. Các bị can ở 2 doanh nghiệp này đã liên hệ với các cựu lãnh đạo tỉnh Bắc Ninh để thỏa thuận về việc tham gia dự thầu, trúng thầu.
Kết luận điều tra chỉ rõ, trước khi tổ chức đấu thầu, Trần Văn Tuynh (cựu Giám đốc Ban Quản lý dự án Công trình xây dựng Y tế tỉnh Bắc Ninh) giao cấp dưới là Nguyễn Đằng An chuyển danh mục, cấu hình, đơn giá các thiết bị trong hồ sơ mời thầu cho Lã Tuấn Hưng (Tổng Giám đốc Công ty Sông Hồng), để Hưng liên hệ với các nhà cung cấp, đề nghị cấp giấy ủy quyền phân phối để đưa vào hồ sơ dự thầu và cung cấp cho gói thầu.
Quá trình thực hiện, để tránh bị phát hiện một công ty trúng nhiều gói thầu cùng thời điểm, các bị can Tuynh và Hưng còn thống nhất sử dụng các pháp nhân công ty khác (đều là của Hưng) để tham gia đấu thầu, đảm bảo kết quả trúng thầu về hình thức là khách quan.
Bên cạnh đó, bị can Hưng cũng liên hệ với một số công ty quen biết như: Công ty TNHH Thiết bị y tế Nhật Nam, Công ty cổ phần Vật tư và thiết bị khoa học kỹ thuật Vạn Xuân, Công ty TNHH Thiết bị y tế Danh, Công ty cổ phần Việt Long để nhờ tham gia làm “quân xanh” cho đủ thành phần và sẽ bị loại khi chấm thầu. Do đó, kết quả các công ty của Hưng đã trúng 3 gói thầu tại Bệnh viện đa khoa huyện Quế Võ, Yên Phong và Tiên Du, với tổng giá trị hơn 126 tỷ đồng.
Kết luận điều tra cũng xác định, đối với 3 gói thầu tại Bệnh viện đa khoa huyện Thuận Thành, Gia Bình và Lương Tài, vào tháng 7-2025, trước khi lập hồ sơ mời thầu, Nguyễn Hồng Sơn (Phó Tổng giám đốc Công ty AIC) đã gặp các bị can liên quan để thống nhất các bước tiến hành, nhằm đảm bảo trúng thầu.
Cấp dưới của bị can Tuynh đã cho xem trước danh mục, cấu hình kỹ thuật các thiết bị y tế dự kiến mua sắm, tổng mức đầu tư được phê duyệt để Sơn làm việc với các đơn vị tư vấn thẩm định giá, liên hệ với các đơn vị cung cấp đầu vào để chuẩn bị hàng hóa, giá bán, tính toán lợi nhuận... Các bị can thuộc đơn vị thẩm định giá đã hợp thức hóa thủ tục hồ sơ thẩm định giá, bảo vệ đơn giá theo danh mục đã được chủ đầu tư phê duyệt từ trước, đồng thời phát hành chứng thư thẩm định.
Để tham gia dự thầu và trúng thầu, phía Công ty AIC cũng sử dụng các công ty khác làm “quân xanh” để đảm bảo trúng thầu khách quan. Kết quả là Công ty AIC và Công ty cổ phần Mopha (đều của bà Nguyễn Thị Thanh Nhàn) đã trúng 3 gói thầu với tổng trị giá hơn 126 tỷ đồng.
Quá trình điều tra, bị can Nguyễn Nhân Chiến (cựu Bí thư Tỉnh ủy tỉnh Bắc Ninh) đã thừa nhận hành vi sai phạm của mình. Bị can Chiến cũng bị cáo buộc đã nhận hối lộ tổng số tiền 14 tỷ đồng; cựu Chủ tịch UBND tỉnh Bắc Ninh Nguyễn Tử Quỳnh bị cáo buộc nhận hối lộ hơn 10 tỷ đồng từ các doanh nghiệp.