Đầu năm 2019, sau khi bàn giao nhiệm vụ giữa ông Lê Quang Sỹ, Giám đốc Quỹ bảo trợ trẻ em, cho bà Nguyễn Thị Mai Huệ, Phó Giám đốc phụ trách quỹ, thì phát hiện nhiều sai phạm trong công tác quản lý tài chính nên đề nghị thanh tra làm rõ.
Sau thanh tra, phát hiện ông Lê Quang Sỹ, bà Trần Thị Thủy (kế toán) và bà Hoàng Thị Hường (thủ quỹ) có dấu hiệu làm giả hồ sơ, chứng từ, thanh toán khống nhằm chiếm đoạt số tiền hơn 1 tỷ đồng từ nguồn ngân sách chi thường xuyên và tiền quỹ hỗ trợ trẻ em.
Ngoài ra, còn nhiều cá nhân khác liên quan đến sai phạm này và các đối tượng mới khắc phục bằng cách nộp lại một phần số tiền đã chiếm đoạt.