Hiện một số đoạn trên tuyến đi qua địa phận tỉnh Vĩnh Phúc, Lào Cai tồn tại nhiều bất cập như hàng rào bảo vệ bị phá bỏ, hộ lan tôn bị tháo dỡ hình thành các lối đi tự phát; tái diễn tình trạng xe khách dừng đón trả khách hoặc giao nhận hàng hóa; một số vị trí mặt đường bị hằn lún vệt bánh xe; hệ thống biển báo, sơn kẻ vạch bị mờ, gây khó khăn cho người điều khiển phương tiện, tiềm ẩn nguy cơ tai nạn giao thông… Cục Đường bộ Việt Nam yêu cầu VEC khẩn trương sửa chữa, khắc phục các hư hỏng; kiểm tra, phát hiện kịp thời các phương tiện dừng sai quy định, thông báo lực lượng CSGT để xử lý. Cục Đường bộ Việt Nam cũng cho biết, mặc dù được đôn đốc, nhắc nhở nhiều lần nhưng VEC vẫn khắc phục rất chậm những bất cập trong quản lý, khai thác tuyến cao tốc Nội Bài - Lào Cai.
