UBND TPHCM có trách nhiệm chỉ đạo thực hiện các công tác chuyển giao nhân sự, hồ sơ tài chính, hồ sơ công việc tại Ban Quản lý An toàn thực phẩm theo nguyên tắc nguyên trạng về Sở An toàn thực phẩm TPHCM theo quy định của pháp luật.
Trước đó, cuối tháng 3-2023, Thủ tướng đã quyết định kéo dài thời gian thí điểm hoạt động của Ban Quản lý An toàn thực phẩm TPHCM từ ngày 1-4-2023 đến khi Thủ tướng quyết định mô hình hoạt động chính thức của Ban Quản lý An toàn thực phẩm Thành phố. Đến ngày 24-6-2023, Quốc hội ban hành Nghị quyết số 98/2023/QH15 về thí điểm một số cơ chế, chính sách đặc thù phát triển TPHCM, trong đó cho phép HĐND TPHCM thành lập Sở An toàn thực phẩm Thành phố là cơ quan chuyên môn thuộc UBND Thành phố. Sở An toàn thực phẩm sẽ là đầu mối thống nhất, tập trung tổng hợp tham mưu và chịu trách nhiệm trước UBND Thành phố về công tác đảm bảo an toàn thực phẩm.
Nghị quyết của HĐND TPHCM về thành lập Sở An toàn thực phẩm có hiệu lực thi hành từ 1-1-2024. TPHCM cũng là nơi thành lập Sở An toàn thực phẩm đầu tiên của cả nước.
