- Xây dựng trái phép nhiều hạng mục ở tầng 25, 35, 41, 42... của dự án. Theo giấy phép, tầng 41 và 42 chỉ được xây dựng 313 m2; tuy nhiên, chủ đầu tư đã mở rộng toàn bộ khu vực, mỗi tầng diện tích 4.393 m2 và bố trí 26 phòng ở mỗi tầng. Tất cả đã hoàn thiện và đưa vào sử dụng.
- Chủ đầu tư tự ý chuyển đổi công năng của hạng mục khối nhà chung cư (từ tầng 2 đến tầng 5) từ mục đích để xe máy, hồ bơi, phòng tập gym, nhà trẻ và các khu sinh hoạt cộng đồng thành 104 căn hộ chung cư.
- Đến tháng 4-2017, UBND quận Ngũ Hành Sơn được giao giám sát chặt chẽ việc ngừng thi công công trình sai phép. Đồng thời, Sở Xây dựng cũng ra văn bản quy định ngày 30-5 là thời hạn cuối cùng để chủ đầu tư dự án Tổ hợp khách sạn Mường Thanh và căn hộ cao cấp Sơn Trà tự tháo dỡ phần công trình vi phạm. Tuy nhiên, chủ đầu tư vẫn không thực hiện tháo dỡ phần công trình vi phạm đúng như yêu cầu.
- Ngày 2-11-2018, UBND Quận Ngũ Hành Sơn yêu cầu trong thời gian 60 ngày (kể từ ngày 8-10, tức đến ngày 8-12), chủ đầu tư phải hoàn chỉnh hồ sơ xin phép điều chỉnh quy mô dự án. Nếu Sở Xây dựng không cấp phép thì doanh nghiệp phải tự tháo dỡ.
Khi công trình xây dựng đến tầng thứ 6 thì Sở Xây dựng phát hiện công trình này lấn chiếm trái phép, xây vượt diện tích hơn 1.000m2 đất… nhưng đến tháng 10-2015, sở này lại ban hành phụ lục điều chỉnh giấy phép xây dựng theo hướng hợp thức hóa cho sai phạm của chủ đầu tư!
Sau đó, Sở Xây dựng thu hồi giấy phép xây dựng, đình chỉ thi công dự án. UBND tỉnh, Sở Xây dựng liên tục có văn bản yêu cầu chủ đầu tư làm lại thủ tục.
- Tháng 3-2016, chủ tịch tỉnh ký công văn đồng ý cho chủ đầu tư tổ chức thi công hoàn thiện trong phạm vi từ tầng 39 trở xuống đối với công trình này.
- Đến tháng 10-2016, Sở Xây dựng ra quyết định điều chỉnh, bổ sung một phần quyết định thu hồi giấy phép xây dựng. Theo đó, không thu hồi mà điều chỉnh giấy phép xây dựng với quy mô 40 tầng cộng 2 tầng hầm; cho phép hoàn thiện từ tầng 40 trở xuống.
- Sau nhiều lần yêu cầu lập lại hồ sơ xây dựng nhưng chủ đầu tư vẫn không thực hiện, giữa tháng 6-2017, Sở Xây dựng có văn bản đình chỉ toàn bộ hoạt động thi công nhưng chủ đầu tư tiếp tục hoàn thiện công trình.
- Tháng 8-2017, UBND tỉnh yêu cầu các cơ quan chức năng thực hiện các biện pháp ngăn hoàn thiện công trình Mường Thanh Khánh Hòa.
- Cuối tháng 8-2018 Mường Thanh Nha Trang bắt đầu “cắt ngọn” 3 tầng vượt của tòa nhà.
Tuy nhiên trong quá trình xây dựng và vận hành, khách sạn này cũng vướng phải nhiều vi phạm. Cụ thể:
Công trình khách sạn Mường Thanh Cần Thơ ngoài chuyện đang xây không phép (khi cho xây dựng đến 6 tầng mới khắc phục), còn có chuyện nhập nhèm trong việc thu hồi đất: Trong quyết định thu hồi đất, Cần Thơ ghi là dùng cho dự án Trung tâm hội nghị TP Cần Thơ nhưng thực tế lại giao cho doanh nghiệp tư nhân xây khách sạn. Việc này khiến người dân bị thu hồi đất nghi ngờ là doanh nghiệp “mượn tay chính quyền” thu hồi đất nên họ khiếu nại
Tiếp đó, mới đây vào ngày 7-9-2018, Thanh tra Bộ Xây dựng có văn bản gửi UBND TP Cần Thơ cho biết: Theo Cục giám định Nhà nước về chất lượng công trình xây dựng thì chủ đầu tư đã đưa khách sạn Mường Thanh Cần Thơ đưa công trình vào sử dụng khi chưa có văn bản nghiệm thu công trình, chưa có văn bản chấp thuận nghiệm thu hệ thống phòng cháy chữa cháy của cơ quan thẩm quyền, chưa báo cáo khắc phục các sai phạm trước đó theo yêu cầu của Cục giám định Nhà nước về chất lượng công trình xây dựng.
