Ở ĐBSCL, phần cuối của con sông Mê Công chủ yếu được khai thác cát. Hiện nay, có khoảng 82 công ty được cấp phép khai thác 28 triệu tấn cát sông mỗi năm. Tuy nhiên, khối lượng cát được báo cáo và lượng cát khai thác thực tế rất khó kiểm soát, tình trạng khai thác cát trái phép vẫn diễn ra.
Theo Bộ Xây dựng, tài nguyên cát sỏi tự nhiên của Việt Nam có thể cạn kiệt trong hơn 10 năm tới. Kết quả nghiên cứu của các nhà khoa học chỉ ra, cát được khai thác trong 20 năm qua với số lượng ngày càng tăng dẫn đến hệ lụy xói mòn các nhánh sông, xói lở bờ gia tăng (khoảng 500ha/năm) đã làm ĐBSCL thay đổi hình dạng. Một số đơn vị được cấp phép khai thác cát chưa tuân thủ quy định theo giấy phép được cấp (thời hạn cấp phép, công suất khai thác, vị trí khai thác); chưa chấp hành đúng quy định dẫn đến sạt lở, biến đổi dòng chảy, mất an toàn giao thông đường thủy…
Các nhà khoa học tính toán, từ năm 1994-2014, lượng trầm tích về ĐBSCL giảm 50%. Với kịch bản toàn bộ các đập thủy điện trên dòng chính sông Mê Công vận hành thì lượng trầm tích về ĐBSCL trong tương lai giảm tới 95%. Nguồn cung cấp trầm tích lâu đời từ thượng nguồn đến ĐBSCL hiện đang bị đe dọa ở nhiều khía cạnh do áp lực sử dụng nguồn cát làm vật liệu xây dựng gia tăng. Cần thấy rằng, nguồn cát từ dòng Mê Công đổ về đáy sông ở ĐBSCL không phải là vô tận.
Cát đáy sông từ Campuchia chảy về ĐBSCL chỉ còn khoảng 5,4 triệu tấn/năm, trong khi số liệu khảo sát cho thấy lượng cát đang khai thác tại khu vực trên có thể lên tới 67 triệu tấn/năm. Có nghĩa là lượng cát từ sông Mê Công bù đắp cho ĐBSCL thấp hơn rất nhiều so với lượng cát khai thác.
Th.S Nguyễn Hữu Thiện, chuyên gia nghiên cứu độc lập về sinh thái ở ĐBSCL cảnh báo, về lâu dài cần cân nhắc giữa lợi ích của việc tiếp tục khai thác cát và chi phí những vụ sạt lở sẽ còn tiếp diễn trong tương lai. Vẫn biết khai thác cát là nhu cầu thiết yếu, nhưng cần cẩn trọng khi không còn cát, sỏi… về đáy sông Mê Công ĐBSCL. Vấn đề cấp thiết hiện nay là ngành chức năng, chính quyền địa phương cần nghiên cứu vật liệu thay thế nguồn cát trong xây dựng và cát san lấp mặt bằng, để thay thế dần nguồn cát sông ngày càng cạn kiệt.
