Nguyên nhân chính dẫn đến chậm tiến độ là do nhiều vị trí trên tuyến còn bị vướng giải phóng mặt bằng, trong đó, các gói thầu từ A5 đến A7 thuộc tỉnh Đồng Nai vẫn đang còn vướng 118 hộ dân, sản lượng trung bình chỉ đạt 6% - 7% tổng giá trị xây lắp.
Hiện VEC không chỉ đạo được nhà thầu xây dựng biểu đồ tiến độ tổng thể, chi tiết cho gói thầu từ A5 đến A7 do chưa thống nhất được thời điểm kết thúc dự án. Đặc biệt, tiến độ gói thầu A4 do nhà thầu Kukdong và Đông Mê Kông thi công quá chậm, do năng lực nhà thầu rất yếu. Hai cây cầu trên tuyến là Phước Khánh, Bình Khánh cũng đang gặp vướng mắc về thiết kế.
Dự án đường cao tốc Bến Lức - Long Thành dài 57,7km, được khởi công tháng 7-2014, tổng mức đầu tư giai đoạn 1 khoảng 31.320 tỷ đồng. Theo đánh giá của chủ đầu tư, với tiến độ này, dự án đường cao tốc Bến Lức - Long Thành rất khó đáp ứng tiến độ thông xe kỹ thuật vào cuối năm 2018.
