Theo kết luận thanh tra, Cảng vụ HKMN đã cho Vietjet mượn tầng 3 trụ sở từ 1-10-2013 đến 1-10-2016, phía Vietjet phải chi trả các chi phí điện nước, văn phòng phẩm, thuê cây cảnh 105 triệu đồng/tháng, tổng số tiền Vietjet chi trả 3,78 tỷ đồng. Việc cho mượn này chưa đúng quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước, bản chất là việc cho thuê tài sản.
Sai sót thuộc về bà Trần Thụy Minh, Giám đốc Cảng vụ HKMN (đã nghỉ hưu) và các cán bộ tham mưu thời kỳ đó. Đến cuối năm 2016, thời kỳ ông Trần Doãn Mậu giữ chức giám đốc, Vietjet đã trả lại tầng 3 của trụ sở. Không chỉ cho mượn trụ sở sai quy định, Cảng vụ HKMN còn chi vượt dự toán hơn 411,7 triệu đồng cho việc đào tạo, bồi dưỡng cán bộ viên chức ở nước ngoài; hỗ trợ, khen thưởng 405 triệu đồng chưa đầy đủ theo quy định và nhiều sai sót khác trong việc chi thưởng, chi phụ cấp trách nhiệm. Thanh tra Bộ GTVT cũng chỉ ra lỗi quản lý khi các cơ quan chức năng chưa phát hiện được sai sót để khắc phục, chấn chỉnh trong suốt nhiều năm qua.
Để khắc phục hậu quả, Thanh tra Bộ GTVT kiến nghị Cảng vụ HKMN phải nộp lại 4,23 tỷ đồng do cho Vietjet mượn trụ sở chưa đúng quy định, chấm dứt ngay việc chi thưởng không đúng đối tượng, tổ chức đấu giá bãi đậu xe taxi tại nhà ga quốc tế sân bay Tân Sơn Nhất 3.541m², trong đó 359m² đã được cấp sổ đỏ, đảm bảo công khai minh bạch theo đúng quy định, tránh lãng phí tài sản công.
