Tại hội thảo, nhiều tham luận đều nhìn nhận, thời gian qua, việc thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của giáo dục đại học công lập được pháp luật ghi nhận; quyền tự chủ đại học mang lại nhiều kết quả khả quan đáng ghi nhận. Tuy nhiên, những hệ lụy tiêu cực, các nguy cơ sai phạm và sai phạm vẫn diễn ra tại các cơ sở giáo dục đại học. Vì vậy, đi liền với quyền tự quyết của các cơ sở giáo dục đại học công lập thì nội tại các cơ sở giáo dục đại học cũng phải có các thiết chế đủ mạnh để kiểm soát, giảm thiểu các nguy cơ tiêu cực có thể xảy ra trong việc tự chủ cũng như thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của chính bản thân các trường... Trong bối cảnh đầy thách thức của tự chủ đại học, thiết chế thanh tra nội bộ được định vị như một công cụ hữu hiệu, tất yếu.
Các chuyên gia khuyến nghị: càng tự chủ đại học thì càng cần tự thanh tra, kiểm tra, nắm bắt để thực hiện đúng quy định của Đảng, Nhà nước, của Đảng ủy nhà trường, hội đồng trường... Do đó, trong thời gian tới, hoạt động thanh tra nội bộ cần hướng đến thực chất hơn.