Theo quy hoạch mạng lưới đường sắt đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt, tuyến đường sắt Thủ Thiêm - Long Thành thuộc tuyến đường sắt quốc gia. Tuy nhiên, dự án hiện vẫn đang được thiết kế theo tiêu chuẩn đường sắt đô thị liên vùng.
Do vậy, Bộ GTVT yêu cầu Ban QLDA đường sắt, đơn vị tư vấn cần khẩn trương rà soát, hoàn thiện số liệu dự báo, đối chứng với số liệu dự báo của các địa phương đang lập quy hoạch vùng, quy hoạch tỉnh (TPHCM, Đồng Nai) để bảo đảm tính đồng bộ.
Đồng thời, Ban QLDA đường sắt, đơn vị tư vấn cần tiếp tục phối hợp với các cơ quan chuyên môn của địa phương rà soát, đối chiếu phương án hướng tuyến, ga với các quy hoạch của địa phương; làm rõ khả năng bố trí quỹ đất cho dự án, đặc biệt tại khu quy hoạch quỹ đất thích hợp tại các khu vực ga đường sắt để phát triển các đô thị… nhằm bảo đảm tính khả thi của phương án đề xuất.
Về tiêu chuẩn áp dụng, Bộ GTVT lưu ý cần bổ sung phân tích, luận chứng so sánh, lựa chọn khung tiêu chuẩn áp dụng trong việc đề xuất lựa chọn tốc độ cho dự án là vận tốc tối đa 80km/giờ, vận tốc khai thác 60km/giờ.
Bộ GTVT nhấn mạnh, đây hành lang giao thông có độ nén, tập trung nhiều dự án giao thông lớn như tuyến đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam, cảng hàng không quốc tế Long Thành, đường cao tốc TPHCM - Long Thành - Dầu Giây, cao tốc Biên Hòa - Vũng Tàu, Vành đai 4, tuyến đường sắt đô thị số 2 TPHCM... Do đó, Ban QLDA đường sắt cần phối hợp các đơn vị liên quan nghiên cứu dự án một cách toàn diện nhằm bảo đảm hiệu quả, tính khả thi.