Cuối năm 2018, UBND tỉnh Đồng Tháp chỉ đạo thanh tra toàn diện công trình, phát hiện nhiều sai phạm của chủ đầu tư và đơn vị thi công.
Đầu năm 2019, ông Nguyễn Hữu Lý có văn bản báo cáo về tình hình thực hiện công trình tu bổ Miếu thờ Bà Chúa Xứ và thừa nhận có nhiều hạn chế, sai sót trong quá trình quản lý, đầu tư công trình này.
Được biết, Công ty Ánh Dương (có trụ sở tại TPHCM) trúng thầu thi công với tổng giá trị hơn 7,3 tỷ đồng. Công trình dự kiến sẽ đưa vào sử dụng trong tháng 11-2015 nhưng sau 4 năm thi công vẫn chưa hoàn thành.
Ban Quản lý Khu di tích Gò Tháp tự ý cho nhà thầu tạm ứng trước số tiền tương ứng cho phần phát sinh bằng cách nghiệm thu trước các mục chưa thi công. Công ty Ánh Dương thế chấp cho chủ đầu tư sổ tiết kiệm và hai chứng thư bảo lãnh với tổng số tiền hơn 7,1 tỷ đồng. Chủ đầu tư đến ngân hàng nơi Công ty Ánh Dương gửi tiết kiệm để rút tiền, thu hồi số tiền tạm ứng thì mới phát hiện các giấy tờ trên đều là giả.
Tháng 6-2018, Ban Quản lý Khu di tích Gò Tháp và Công ty Ánh Dương tiến hành kiểm tra công trình, chấm dứt hợp đồng thi công công trình tu bổ Miếu thờ Bà Chúa Xứ. Công ty Ánh Dương còn nợ chủ đầu tư số tiền gần 3,7 tỷ đồng. Trong đó, nợ tạm ứng gần 2 tỷ đồng, nợ khối lượng chưa thi công hơn 1,5 tỷ và phạt vi phạm hợp đồng hơn 184 triệu đồng.
Vụ việc sai phạm sau đó được chuyển sang cơ quan điều tra. Giám đốc Công ty Ánh Dương là Nguyễn Hoài Dương bị khởi tố, bắt tạm giam điều tra về hành vi làm giả, sử dụng con dấu, tài liệu của cơ quan, tổ chức và lừa đảo chiếm đoạt tài sản, vì có hành vi làm giả chứng thư bảo lãnh và sổ tiết kiệm, sau đó tạm ứng tiền và chiếm đoạt 4 tỷ đồng.
