Đoạn tuyến thứ nhất là đoạn đầu tuyến, từ nút giao Trung Lương đến nút giao Quốc lộ 1A: Các phương tiện được lưu thông trên chính tuyến tối đa 60km/giờ, phạm vi vòng xuyến 50km/giờ, đường dẫn 50km/giờ.
Tại nút giao số 1 giao giữa dự án với đường cao tốc TPHCM - Trung Lương, các phương tiện lưu thông trên đường cao tốc TPHCM - Trung Lương (hai chiều) đến nút giao số 1 rẽ xuống tại các nhánh ra để nhập vào đường cao tốc Bến Lức - Long Thành thông qua đoạn đường kết nối đi qua trạm thu phí vào đường cao tốc Bến Lức - Long Thành để đi Quốc lộ 1A.
Các phương tiện trên đường cao tốc Bến Lức - Long Thành (hướng từ Quốc lộ 1A - đường cao tốc TPHCM - Trung Lương) di chuyển qua đoạn kết nối để nhập vào các nhánh thuộc nút giao lên đường cao tốc TPHCM - Trung Lương đi về các tỉnh miền Tây hoặc đi về TPHCM.
Tại nút giao số 2 giao giữa dự án với Quốc lộ 1, các phương tiện lưu thông trên Quốc lộ 1A hướng từ đường Nguyễn Văn Linh đi Long An đến nút giao rẽ phải vào nhánh lên đường cao tốc Bến Lức - Long Thành đi đường cao tốc TPHCM- Trung Lương.
Các phương tiện lưu thông trên Quốc lộ 1A hướng từ Long An đến nút giao di chuyển theo vòng xuyến, rẽ trái nhập vào nhánh lên đường cao tốc Bến Lức - Long Thành đi đường cao tốc TPHCM - Trung Lương.
Các phương tiện lưu thông trên đường cao tốc Bến Lức - Long Thành (chiều từ đường cao tốc TPHCM - Trung Lương về Quốc lộ 1A) rẽ phải ra khỏi đường cao tốc tại nhánh ra của nút giao, tiếp tục rẽ trái nhập Quốc lộ 1A đi Long An hoặc nhập vào vòng xuyến của nút giao để đi ra đường Nguyễn Văn Linh (TPHCM) trên Quốc lộ 1A. Các phương tiện lưu thông trên Quốc lộ 1A lưu thông hai chiều di chuyển theo vòng xuyến của dự án.
Đoạn tuyến thứ 2 là đoạn cuối tuyến từ nút giao Phước An đến nút giao Quốc lộ 51: vận tốc khai thác tối đa trên chính tuyến là 100km/giờ, vận tốc tối thiểu 60km/giờ; trong phạm vi nút giao vòng xuyến không quá 40km/giờ; đối với đường dẫn và các nhánh khác không quá 50km/giờ.
Tại nút giao giữa dự án với đường vào cảng Phước An, các phương tiện lưu thông từ cảng Phước An đến nút giao rẽ phải vào nhánh lên đường cao tốc Bến Lức - Long Thành đi Quốc lộ 51; các phương tiện từ huyện Nhơn Trạch đến nút giao di chuyển theo vòng xuyến, rẽ trái nhập vào nhánh lên đường cao tốc Bến Lức - Long Thành đi Quốc lộ 51.
Các phương tiện trên đường cao tốc Bến Lức - Long Thành (chiều từ Quốc lộ 51 về Phước An) rẽ phải ra khỏi đường cao tốc tại nhánh ra của nút giao rẽ trái nhập vào vòng xuyến để đi cảng Phước An hoặc rẽ phải đi về huyện Nhơn Trạch (trên đường Trường Chinh). Các phương tiện lưu thông hai chiều trên đường từ cảng Phước An đến huyện Nhơn Trạch di chuyển thông qua vòng xuyến tại nút giao Phước An.
Tại nút giao giữa dự án với Quốc lộ 51 đi Vũng Tàu, các phương tiện trên Quốc lộ 51 (hướng từ Biên Hòa đi Vũng Tàu) đến nút giao có thể rẽ phải vào đường dẫn lên đường cao tốc Bến Lức - Long Thành để đi về Cảng Phước An, huyện Nhơn Trạch (Đồng Nai) hoặc đi về TPHCM.
Các phương tiện trên Quốc lộ 51 (hướng từ Vũng Tàu đi Biên Hòa) đến nút giao đi theo vòng xuyến, rẽ trái lên đường dẫn để nhập vào đường cao tốc Bến Lức - Long Thành đi về Cảng Phước An, huyện Nhơn Trạch (Đồng Nai) hoặc đi về TPHCM.
Các phương tiện trên đường cao tốc Bến Lức - Long Thành (chiều từ Phước An đi Quốc lộ 51) rẽ phải ra khỏi đường cao tốc trên đường dẫn và tiếp tục rẽ phải nhập vào Quốc lộ 51 để đi Vũng Tàu hoặc rẽ trái nhập vào vòng xuyến để đi Biên Hòa (trên Quốc lộ 51). Các phương tiện lưu thông hai chiều trên đường trên Quốc lộ 51 (Biên Hòa - Vũng Tàu) di chuyển thông qua vòng xuyến tại nút giao Quốc lộ 51.
VEC cho biết, các phương tiện lưu thông trên tuyến khi gặp sự cố hoặc phát hiện sự việc bất thường, đề nghị liên hệ nhân viên trực tổng đài qua số HOTLINE 1900.969.607 (trực 24/24 giờ) để tiếp nhận và xử lý thông tin kịp thời.
Giai đoạn đầu khi đưa vào khai thác tạm, VEC chưa thực hiện thu phí sử dụng đường bộ. Thời điểm tổ chức thu phí sẽ được VEC công bố sau khi đáp ứng các điều kiện theo quy định.
