Chủ tọa phiên tòa là thẩm phán Phạm Lương Toản (Chánh Tòa Hình sự Tòa án nhân dân TPHCM). Tham gia hội đồng xét xử có thẩm phán Huỳnh Thị Việt Tiên cùng 1 thẩm phán dự khuyết, 3 hội thẩm nhân dân, 2 thư ký ghi biên bản phiên tòa. Đại diện Viện Kiểm sát nhân dân TPHCM tham gia phiên tòa theo sự phân công của Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao gồm ông Trần Ngọc Quang và bà Nguyễn Quỳnh Lan.
Trong vụ án này, bị cáo Phạm Công Danh (nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị Ngân hàng VNCB, Chủ tịch Hội đồng thành viên kiêm Tổng Giám đốc Công ty TNHH Tập đoàn Thiên Thanh), Phan Thành Mai (nguyên Tổng Giám đốc Ngân hàng VNCB), Trầm Bê (nguyên Phó Chủ tịch Thường trực HĐQT, Chủ tịch HĐTD Ngân hàng SacomBank), Phan Huy Khang (nguyên Tổng Giám đốc Ngân hàng SacomBank) và 42 bị cáo đồng phạm bị đưa ra xét xử về tội "Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng". Đại diện 7 ngân hàng và hơn 60 cơ quan, cá nhân, doanh nghiệp được triệu tập có mặt tại phiên tòa trong vai trò người có quyền lợi và nghĩa vụ liên quan.
Theo Quyết định đưa vụ án ra xét xử, trong số gần 200 người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan và người làm chứng được triệu tập có bị án Hứa Thị Phấn (nguyên Chủ tịch Ngân hàng TMCP Đại Tín - viết tắt TrustBank, hiện đang chấp hành bản án 30 năm tù) cùng các ông, bà Trần Bắc Hà (nguyên Chủ tịch HĐQT Ngân hàng TMCP Đầu tư và Phát triển Việt Nam - BIDV), Vũ Bạch Yến (Chủ tịch HĐQT CBBank), Trần Quý Thanh (Tập đoàn Nước giải khát Tân Hiệp Phát)... Đoàn giám định tư pháp Ngân hàng Nhà nước gồm 8 thành viên cũng được Tòa án nhân dân TPHCM triệu tập ra tòa.
Có 64 luật sư đăng ký bào chữa cho 46 bị cáo cũng như người có quyền lợi nghĩa vụ liên quan tới vụ án. Bị cáo Phạm Công Danh có 7 luật sư bào chữa là: Phan Trung Hoài, Trương Quốc Hòe, Hà Hải, Trần Minh Hải, Bùi Phương Lan, Chu Mạnh Cường, Bùi Thị Hồng Giang. Ba luật sư Nguyễn Thị Mai Hồng, Phạm Ngọc Trung, Trần Quốc Khánh bào chữa cho bị cáo Trầm Bê.
Theo cáo trạng, năm 2013 và 2014, bị cáo Phạm Công Danh cần có tiền để sử dụng nhưng không thể vay trực tiếp tại Ngân hàng VNCB nên chỉ đạo lãnh đạo, nhân viên Ngân hàng VNCB và nhân viên thuộc Tập đoàn Thiên Thanh sử dụng pháp nhân các công ty do Danh thành lập hoặc mượn pháp nhân, lập 29 hồ sơ khống đứng tên các công ty đó, vay vốn tại các ngân hàng SacomBank, TPBank, BIDV; đồng thời dùng tiền của Ngân hàng VNCB gửi sang 3 ngân hàng này để cầm cố, bảo lãnh cho các khoản vay, sau đó bị các ngân hàng trên thu hồi nợ từ tiền gửi của Ngân hàng VNCB với số tiền gần 6.127 tỷ đồng. Toàn bộ số tiền các công ty vay được từ 3 ngân hàng được Phạm Công Danh chỉ đạo sử dụng cho mục đích cá nhân của mình.
Do các công ty này làm hồ sơ vay khống, không thực hiện theo phương án đã cam kết trong hợp đồng tín dụng nên không có tiền trả nợ. Ngân hàng VNCB thực hiện việc bảo lãnh nhưng không yêu cầu cầm cố, thế chấp tài sản nên không thu hồi được tiền bảo lãnh từ các công ty đó, dẫn đến Ngân hàng VNCB bị thiệt hại gần 6.127 tỷ đồng.