Đây là một trong những văn bản pháp quy gây nhiều tranh cãi trong suốt quá trình xây dựng dự thảo. Kể cả khi đã trình, dự thảo này vẫn còn có tới 6 nội dung cần xin ý kiến của các thành viên Chính phủ, do có quá nhiều ý kiến trái chiều.
Tại tờ trình, Bộ GTVT đã trình bày các ý kiến khác nhau về 6 nội dung này. Cụ thể, ngược với ý kiến đòi coi xe hợp đồng điện tử là taxi, Bộ GTVT cho rằng, việc tồn tại của xe hợp đồng điện tử là phù hợp với pháp luật hiện hành, xe điện tử không cần phải có mào như taxi. Ngược lại với ý kiến đề nghị bỏ quy định lái xe của đơn vị kinh doanh vận tải hành khách theo hợp đồng không được đón, trả khách thường xuyên, lặp đi lặp lại hàng ngày tại một địa điểm cố định vì không rõ mục tiêu quản lý, Bộ GTVT đề nghị giữ quy định này để bảo đảm sự minh bạch, công bằng và góp phần kiểm soát và xử lý tình trạng bến cóc, xe dù.
Tương tự, với ý kiến đề nghị bỏ quy định đơn vị kinh doanh vận tải phải thông báo tới sở GTVT các thông tin cơ bản trong hợp đồng vận chuyển (do việc gửi thông báo này mất nhiều thời gian và các sở GTVT không thể có đủ nhân lực để kiểm tra), Bộ GTVT lại cho rằng nếu quy định này bị dỡ bỏ sẽ tạo thêm kẽ hở xe dù, bến cóc lộng hành. Về ý kiến đề nghị bỏ quy định đơn vị kinh doanh vận tải chỉ được ký hợp đồng vận tải với tổ chức, cá nhân có nhu cầu thuê cả chuyến xe, mỗi chuyến xe đơn vị kinh doanh vận tải chỉ được ký kết 1 hợp đồng, Bộ GTVT cho rằng quy định này cần thiết, nếu mỗi xe được ký nhiều hợp đồng thì xe khách trá hình càng nhiều hơn.
Về nhiều ý kiến cho rằng nên cho phép các hộ kinh doanh được sử dụng hợp đồng điện tử bằng xe hợp đồng có sức chứa dưới 9 chỗ, theo Bộ GTVT, chỉ các doanh nghiệp, hợp tác xã có giấy phép kinh doanh vận tải mới được thực hiện. Khái niệm kinh doanh vận tải cũng là vấn đề gây tranh cãi khi có ý kiến cho rằng không cần thiết thì Bộ GTVT lại thấy cần định nghĩa cụ thể để làm cơ sở để xác định các đơn vị như Uber, Grab có phải là đơn vị kinh doanh vận tải hay là đơn vị công nghệ.
Mặc dù nêu rõ quan điểm ở mỗi nội dung gây tranh cãi nhưng trước quá nhiều ý kiến trái chiều, Bộ GTVT vẫn không quyết định mà đề nghị xin ý kiến các thành viên Chính phủ. Điều này cho thấy, Bộ GTVT chưa thực sự yên tâm với phương án mà mình lựa chọn trong vai trò là cơ quan quản lý nhà nước về lĩnh vực GTVT.
Mục tiêu xây dựng nghị định sửa đổi Nghị định 86 đã được Bộ trưởng GTVT Nguyễn Văn Thể xác định rất rõ ràng, đó là: khi ban hành phải giải quyết được tất cả những tồn tại hiện nay như tình trạng xe dù, bến cóc, xe hợp đồng ứng dụng hợp đồng điện tử như Uber, Grab… Việc sửa đổi lần này cũng phải giảm bớt các thủ tục hành chính; quản lý chặt chẽ nhưng phải tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp. Tuy nhiên, trong phương án mà Bộ GTVT lựa chọn, nhiều ý kiến hiệp hội, doanh nghiệp vẫn cho rằng còn quá nhiều cản trở đối với hoạt động doanh nghiệp, thậm chí là vi hiến, ví dụ như doanh nghiệp kinh doanh vận tải chỉ được ký 1 hợp đồng trong một chuyến xe.
Thực tế hoạt động vận tải đang diễn biến phức tạp, nhiều vấn đề mới phát sinh. Một dự thảo nghị định ngổn ngang các ý kiến trái chiều làm không ít người lo ngại về thời gian ban hành nghị định quan trọng mới này. Thời gian trình dự thảo trước đó đã bị lùi từ tháng 4 đến tháng 8. Nếu Nghị định 86 không được sớm ban hành với giải pháp quản lý phù hợp thực tiễn, những bất cập trong hoạt động vận tải sẽ tiếp tục kéo dài, gây nhiều bức xúc trong xã hội.
